Вскрытие показало

[erlin 3 444]

Вот это и есть подгонка.

Тогда, когда ты склонялся к другой версии, пряжки не нужны были и ты их почти не видел.

Сейчас, версия другая, и пряжки появились почти везде))).

А про гель почему ничего сейчас не говоришь?

[=SM= 26 117]

12 минут назад, erlin сказал:

и пряжки появились почти везде))).

Да не появились они везде. Они нашлись внимательным и долгим просмотром вчера, когда я изучал вопрос, почему не определил их по ключу без генетики. Был бы повод раньше к этому, можно было бы пересмотреть с пристрастием и раньше. Вот прям в глаза они не бросаются.

 

Кстати, а версия то была - " Еще как бы хорошо подходит M.aetites, но тут субстрат мимо совсем, и пряжки с плевроцистидами. "

Никто её не поддержал, вот и не пересмотрели подробнее

И я так и не понял, что мне там с плевроцистидами не понравилось... Они же очень даже "scarce", и вполне fusiform.

[=SM= 26 117]

4 часа назад, erlin сказал:

А про гель почему ничего сейчас не говоришь?

А что про гель надо говорить? Тут две вещи. Во первых, для M.tristis и M.aetites даны совершенно противоположные данные по гелевой структуре. А они ведь генетически-то 100%-но идентичны, по крайней мере именно те два образца, что определил Аронсен. А это значит, что это не признак вообще здесь.

А во вторых с этой "мутью" в SDS на данный момент у меня есть большие сомнения, что она есть хороший показатель гелевой структуры, так как её даже при смыве спор с ног образуют и те виды, в которых не должно быть никакого геля. Этот признак вообще стоит опустить как неоднозначный в смысле того, а верным ли методом я его определил. И я сейчас не знаю, как правильно и надежно этот гель определять. Хотя год назад был уверен, что это именно он выходит в SDS.

 

И сейчас уже не версия. Сейчас установленный факт Версии можно строить только в части синонимизации этих двух видов. И тут бы только комментарий Аронсена спас бы, на предмет того, почему он одну мицену записал в тристис, а другую в аетитес при одинаковых сиквенсах. (первую, кстати, секвенировал не он, а другие - Balint Dima et al. - т.е. он их наверняка не сравнивал генетически, и в генбанк вторую не выложил).

Судя по тому, что вижу я при анализе сиквенсов - они синонимы. Следовательно надо повыбрасывать из описаний всё то, что напрочь различно, и расширить то, что просто разное.

 

PS.

Я таки написал Аронсену. Ответит, или нет... И Лессо заодно в копию (он соавтор их миценовой монографии)...

 

И у меня по этой мицене есть порядка 250 микрофото на 800 мбайт... Могу куда нибудь выложить...

 

[erlin 3 444]

1 час назад, =SM= сказал:

И тут бы только комментарий Аронсена спас бы, на предмет того, почему он одну мицену записал в тристис, а другую в аетитес при одинаковых сиквенсах. (первую, кстати, секвенировал не он, а другие - Balint Dima et al. - т.е. он их наверняка не сравнивал генетически, и в генбанк вторую не выложил).

Судя по тому, что вижу я при анализе сиквенсов - они синонимы. Следовательно надо повыбрасывать из описаний всё то, что напрочь различно, и расширить то, что просто разное.

Случаев, когда последовательности совпадают, но виды считаются разными достаточно. Особенно когда не совпадает какая-то морфология. Микологи так и пишут, например, в "Миссии..."

На основании критериев, упомянутых во введении, мы использовали 1 % (5 различий) в качестве порогового значения для видов. Когда типовые последовательности отличаются друг от друга по крайней мере в 5 сайтах, мы относимся к ним как к разным видам. Мы не утверждаем, что все вариации ниже 1 % автоматически являются внутривидовыми. Однако разделение видов ниже порогового значения 1% требует тщательного изучения. Поэтому мы добавили префикс «aff.» к латинскому названию в тех случаях, когда есть 3-4 отличия от последовательностей другого типа. С двумя отличиями мы использовали s. lato на рис. 1 и в дополнительных таблицах 1 и 2. Использование этого подхода указывает места, где определение таксономических синонимов может быть проблематичным и требует дальнейшего изучения. Кроме того, когда макроскопические, микроскопические и/или экологические данные значительно различаются, несмотря на то, что последовательности ITS одинаковы, мы не помещаем таксоны в синонимы. Кроме того, в тех случаях, когда ранее было показано, что комплекс видов включает несколько видов, поддерживаемых морфологией и небольшими, но постоянными пробелами в штрих-коде, мы избегали создания синонимов.

Видимо, что-то значительно различается, например, хейлоцистиды...

 

[=SM= 26 117]

3 часа назад, erlin сказал:

что-то значительно различается, например, хейлоцистиды...

А с ними интересно - в пластинке там, где ближе к ноге - они как слева, а ближе к периферии шляпки - как справа. Причем я такое встречал уже очень много раз и в других видах, особенно в филипедесах.

 

Вот две фотки из одной и той же пластинки - как будто из двух разных грибов. А в большинстве мест из середины они перемешаны в разных пропорциях. То есть, руководствуясь ими, можно предположить и ту и эту равновероятно.

 

Здесь речь именно про 100% ITS совпадения, то есть ни одной различной буквы в сиквенсе нет. Другое дело, что при таком раскладе виды могут отличаться и быть чётко поддержанными в другом локусе, в rpb2, или tef-1a, LSU, или еще где. Как, к примеру, это с Psathyrella albescens, растущей на каждом углу весной. Так что, на эту тему мы здесь можем только гадать. Но, хочется надеяться на то, что хотя бы в миценах этого не будет, подгонки генетики ради поддержания разности видов, вместо объединения видов.

 

PS1

Кстати, про пряжки и цистиды - ты недочитал прошую дискуссию, а вырвал кусочек из её самого начала. Так что, про "подгонку" ты погорячился. Было потом там и вот это:

05.01.2021 в 02:30, =SM= сказал:

Насчет пряжек, пожалуй, стоит дополнительно поисследовать другое ПТ и померить цистиды, и побольше. И свести в таблицу все похожие внешне виды, с расстановкой "+1" "-1" и "0" у каждого признака по степени сходимости.

 

И потом еще вот это - там про пряжки уже  "30/70" "есть" против "не видно", и про разные цистиды в разных концах пластинки, и про редкие все же найденные плевроцистиды. То есть "идем по второму кругу".

https://forum.toadstool.ru/topic/5629-вскрытие-показало/?do=findComment&comment=498820

 

PS2

И еще - по поводу, что такое "pruinose" и "smooth"/"glabrous" - вот эта нога  "smooth" - https://mycena.no/abramsii3.htm

[=SM= 26 117]

..... Учимся "нормальные" деревья со смыслом строить. Не всё пока получается, а именно "укоренить" дерево тем, чем я хочу.

Но. Первые результаты недвусмысленно намекают на то, что M.aetites и M.tristis, которые у Аронсена, это синонимы, и всё это M.tristis. А вот M.aetites Робича - это иное - и, возможно, именно M.aetites (с огромными "но" - так как там только обрезочек сиквенса, и качество его непонятно, а морфологически он "как все").

 

 

.... А еще - ждите новостей. Я еще кое что отправил на секвенирование.

[=SM= 26 117]

Ура! Наши взяли водокачку Научился!

 

 

Где "наша" мицена, оно понятно всё.

А вот на две M.vitilis, обе вполне заслуживающие доверия, стоит обратить внимание Что-то не так с этим видом "в консерватории", и не у меня - сиквенсы действительно очень разные.

 

Так что, если участникам обсуждения это хоть как-то интересно, можем развивать данную древесную структуру добавлением в неё еще чего нибудь.

 

PS

Аронсен ответил! Прям чудеса! Тут расскажу позже, пока надеюсь, что он посмотрит нашу мицену сам.

[erlin 3 444]

7 часов назад, =SM= сказал:

А вот на две M.vitilis, обе вполне заслуживающие доверия, стоит обратить внимание Что-то не так с этим видом "в консерватории", и не у меня - сиквенсы действительно очень разные

Какая-то из них со временем станет не vitilis.

А есть фотки этих двух мицен (ты же уже покопался с материалом)?

[=SM= 26 117]

1 час назад, erlin сказал:

А есть фотки этих двух мицен (ты же уже покопался с материалом)?

 Я вычислил, где косяк.

 

Косячная - это из Робича-1, правда неизвестно, она там на фотке, или не она, но в списке она есть как MCVE 136/F "как две коллекции рядом".

Она полностью идентична образцу того же Робича "JF908370.1 Mycena sanguinolenta voucher 100", и еще нескольким сангвинолентам - ну, то есть, она сангвинолента на самом деле. Так что, накосячили Робич и ко. Возможно, предположу, ведь там ведь было "две коллекции рядом" под одним номером, и он проверил только одну, которая оказалась витилис, а вторую не проверил, но она попала в секвенатор и оказалась сангвинолентой. А, может, архивариусы что-то перепутали.

 

А вот вторая - её отсеквенировали "Harder,C.B., Dima,B., Niskanen,T. and Bonsdorff,T.V." , а взяли из финского гербария. Они её разместили в генбанке как витилис voucher H6039064, и также её поставили и в статье https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.03.23.436563v1 Я её взял, ну просто потому, что фамилии известные и непростые. И вот она находится среди кучи других витилисов. То есть "правильная" витилис - эта.

 

Короче, как завещал нам великий Ленин - "Доверяй, но проверяй"!

 

Теперь это выглядит вот так. Добавил еще полиграмму, так как увидел в двух деревьях в разных работах, что она ближайшая сестра витилис - и, да, так и есть!

 

 

 

[erlin 3 444]

Я правильно понимаю, осталось разобраться с тремя подкладами в кладе, выделенной красным?...

А какова разница по пунктам между 1, 2 и 3?

[=SM= 26 117]

@erlin 

Скорее с двумя. Так как 1) - в генбанке только обрывочек сиквенса, и не факт, что он качественный. Здесь надо бы смотреть хроматограмму глазами, но где же её взять то... Поэтому образец 1) скорее всего "неадекватный". Про 2 и 3 - судя по дистанции между витилис и полиграммой, а они-то бесспорно разные виды, может быть так, что Аронсен по какой причине ошибся при определении образца O-F-303437, и тогда всё встанет на свои места - M.tristis у Натальи, и M.aetites вот та клада номер 2.

 

Суть ответа Аронсена была примерно такая - мой перевод - " На данный момент невозможно составить четкое понимание M.tristis. Нам нужно больше материала и сиквенсов. Да, есть несколько аргументов в пользу того, чтобы считать их конспецифичными (с аетитес), и это подтверждается пока единственным доступным сиквенсом. Однако, морфология выглядела настолько отличной, что и Маас Геестеранус (автор M.tristis) и я признали её отличной от M.aetites. Сегодня у меня больше сомнений, но ничего определенного сказать нельзя."

Еще он сильно удивился тому, что это еще и на бревне.

 

После этого ответа, который намекает на то, что он всё еще "в миценах", хотя и формально на пенсии, я вот это всё ему и вывалил, и мои деревья-сиквенсы-хроматограммы, и все фото от Натальи, и всю (совсем всю) микроскопию, и все измерения. Надеюсь, что он посмотрит и что-то скажет на эту тему. А сами мы тут никак не разберемся, ибо морфология-то этой мицены вроде как и под ту, и под эту подходит... А субстрат вообще никуда

 

[erlin 3 444]

1 час назад, =SM= сказал:

Еще он сильно удивился тому, что это еще и на бревне.

Этот момент и меня всегда приземлял.

Но, всё таки, какое "расстояние" между 2 и 3?

Одно дело 1,2 пункта, другое - 3,4.

 

P.S. Или после выравнивания хроматограмм, это невозможно однозначно определить?

 

[Deta 34 761]

Я молчу, потому что мне просто сказать пока нечего. Но слежу за дискуссией внимательно и пребываю просто в отпаде. 

 

А вот насчет бревна могу добавить. Это здоровенный упавший дуб. Обсуждаемые мицены растут только на его самой толстой комлевой части. Древесина там еще крепкая, в отличие от более верхних частей дерева. И поверху - это видно на моих фотографиях, ствол оброс мхом. Кругом елки растут, и всякая мелкая еловая труха, конечно среди мха должна быть. Мицены эти растут именно во мху.  Но под ним, повторюсь, имеется крепкая древесина. 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

[=SM= 26 117]

@erlin Сверху слева масштабная линейка. Чтобы длину ветки перевести в усредненное кол-во различий, надо реальную длину с учетом масштаба помножить на длину выравнивания (в данном случае она равна 970).

 

Вот длины. Их можно оказывается показать.

[=SM= 26 117]

 

8 минут назад, Deta сказал:

Мицены эти растут именно во мху. 

Ну, как бы, не все... Но ведь и млечники по бревнам лазают, а они вообще микоризники

[erlin 3 444]

2 часа назад, Deta сказал:

Я молчу, потому что мне просто сказать пока нечего. Но слежу за дискуссией внимательно и пребываю просто в отпаде. 

 

Вам нельзя молчать.

Вы всё видели вживую.

Я же, пытаясь быть в теме (последние годы по миценам), ничего и не мог сказать толкового по поводу Вашей находки. Потому, что понимал, что не видел такой мицены и не мог сопоставить её ни с чем мне доступного по информации.

Мне абсолютно не нравилась версия - vitilis. И я никак не мог согласиться, что Ваши - abramsii.

И интуитивно, пока не могу принять версию - (aetites-tristis), хотя вижу, что против логики не попрёшь (молекулярной логики).

А значит, существующие описания aetites и tristis, требуют пересмотра. И похоже, это произойдёт в ближайшее время.

И возможно, благодаря Маркову

 

P.S. А про отпад - ну я тоже в нём пребываю. Сергей копнул глубоко...

[=SM= 26 117]

46 минут назад, erlin сказал:

существующие описания aetites и tristis, требуют пересмотра

Да не требуют они пересмотра, так, чтобы вот прямо глобально.

Я вижу пока такие варианты:

- объединение их в одну, ну и как следствие, уточнение данных по цистидам и желатинозности.

- если Аронсен ошибся с определением O-F-303437, а виды все таки разные, то просто это M.tristis, а менять описание не надо.

Ну можно упомянуть, что была находка на замшелом и усыпанным подстилкой бревне, но это как бы и так норма жизни, находка подстилочной мицены на бревне, усыпанном подстилкой и заросшем мхом, как и прорастание из подстилки/мха сквозь гнилье. Не первый и не последний раз. Но тут удивляет еще их изобилие!

 

То есть, в общем, тут пересмотра не надо. Тут нужно принятие номенклатурного таксономического решения. А пересмотр описаний, он не пересмотр, а незначительное уточнение.

[=SM= 26 117]

Я перестроил дерево заново, убрав оттуда явно ненужное, что только портит выравнивание, и добавив полезного, и перевыравнял заново.

Теперь видно, что у Робича не некачественный сиквенс, а хоть и обрывок, но вполне к месту! И "в общей нашей куче" появилась новая M.plumbea = M.robusta

 

 

 

Тут стало проглядывать всё иначе - конструкция из трех-четырех видов - M.aetites (s.s.Robich) - нижняя клада, совсем отдельная,  M.robusta-plumbea в середине,  "наша" M.tristis, и остальные  M.aetites.  И при таком раскладе скорее выходит, что M.aetites она у Робича сама собой, а в нашей куче... Тут уже моих знаний мало. Но можно подозревать, что вся эта куча может быть M.tristis

 

Чем дальше в лес, тем толще партизаны...

[erlin 3 444]

05.01.2021 в 14:19, =SM= сказал:

И, все таки, вроде нашел редкие плевроцистиды не от переноса хейлоцистид. Сейчас дополнительно поищу пряжки...

 

У самой большой L=21..22, у поменьше L=21, у самой маленькой L=17

Если смотреть ключи по секции предложенные на mycena.no...

то tristis, здесь не получается, aetites как бы ближе, но...

Это к вопросу пересмотра описаний, либо их объединения и т.д.

[=SM= 26 117]

@erlin 

Это наверное какие-то старые ключи, что ли... Или недоделанные. А по тем, что у Аронсена/Лессо в монографии (стр. 62 и далее)  - отлично получается всё, я проход по его ключу показывал в начале беседы, в скрытом блоке (ты, видимо, не заметил - ссылка на пост вот, там внизу в самом щелкнуть надо на "показать"  - https://forum.toadstool.ru/topic/5629-вскрытие-показало/?do=findComment&comment=526225 ). И в современном его описании там же у тристис есть плевроцистиды, "Pleurocystidia absent or very scarce." - второе чётко наш случай, за два часа кручения ручек дай бог десяток нашел.

 

А вот L это вообще показатель очень нестабильный, зависящий от "жирности" субстрата и погоды. Возможно, если все их пересчитать, то там и найдется с >25. Вот это возможный кандидат (ко мне не попал, я бы его узнал по отгрызанному краю).

А по L>22, как оно в монографии в "первом ключе", вполне себе эта проходится. Кстати, что интересно, там написано "L>22" и "L<22". А вот если L=22 то туды-сюды. Но я первый ключ не пробовал проходить полностью, второй более конкретизированный, меньше неоднозначностей в нем.

 

А у Робича, ни у старого, ни у нового, нет вообще ничего про тристис в ключах. Есть только упоминание о ней в описании Mycena polygramma f. laevipes, и там сведенные в таблицу различия. Это был как раз второй повод включить полиграмму в дерево. А в aetites он не упоминает тристис (НО! Ведь его аетитес далека от тристис филогенетически).