Анализ ДНК показал...

[=SM= 26 103]

3 часа назад, erlin сказал:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW540739.1

Блин. Только сейчас увидел - а она же есть уже:

MW540739.1_Mycena_xantholeuca_as_arcangeliana_voucher_TUR148293

теперь две копии будет

[erlin 3 439]

26.05.2022 в 13:56, =SM= сказал:

Поставил на полтора миллиона генераций... Ждем-с часа три с половиной - четыре.

 

Прошло больше, что-то пошло не так?

[=SM= 26 103]

15 минут назад, erlin сказал:

Прошло больше, что-то пошло не так?

Всё так. Я туда надобавлял еще видов и экземпляров, теперь там 203 образца. Понадобилось еще несколько итераций правки выравнивания по результатам построения деревьев и сходимости. После добавления еще пачки видов вылезли несколько важных неточностей в неоднозначных регионах. А одно построение сейчас от 7 часов. Сейчас очередной запуск в работе. 5 часов 30 минут осталось (для 2000000 генераций, и не факт, что не надо будет продлевать).

 

[=SM= 26 103]

@erlin 

Вот текущая версия. Но это еще не окончательная еще - надо "дотюнинговать" еще выравнивание.

Выкладываю в двух видах - первый с апостериорными вероятностями, а второй зато с поиском и выделением/копированием. Как сделать и с тем и с этим, я пока не придумал

myc_algn8c.pdf

myc_algn8c1.pdf

 

Сразу что видно еще интересного к тому, что было:

1) цитриномаргината, пилозелла и оливацеомаргината в этом локусе почти не отличаются. Версии две - они все "формы" одного, либо нужен другой локус для их отличий.

1а) пурпуреофуска и виридимаргинаты, тоже самое, но об этом уже было.

1б) тоже и в наших тристис/аетитес/плюмбеа-робуста.

1в) лептоцефала и кретата...

1г) аурантиомаргината и стробилиноидес. Здесь, похоже, синонимы.

1д) галерикулята и мегаспора...

2) M.thymicola оказалась родственницей к M.capillaripes. Робич же считал её родственницей оливацеомаргинаты, ну и по ходу был неправ. Однако, для меня это полезная информация, у меня вот эта задача -   https://forum.toadstool.ru/topic/1866-мицены/?do=findComment&comment=446900, там ты предложил мне M.capillaripes. Мне оно не очень понравилось, я копал дальше, и пришел к M.cf.thymicola  -   https://forum.toadstool.ru/topic/1866-мицены/?do=findComment&comment=468651, ну и тут что-то есть, истина где-то рядом. Надо бы её еще найти. Но в том году их не было.
3) клада с филопес и ксантолеуками, заодно эксилис, собрались в единое целое с метатами, прихватив в себя псевдокортиколы-мелиигены-юниперины, предсказывая, что они могут быть реально одной секцией.
4) Cinerellae так и не хочет оформляться. Все еще так и выходит, что там и септентрионалист, и инклината/тинтиннабулум, и даже галерикулята. Так как текущую Cinerellae раскидало по всей этой кладе во все её куски. Пока похоже, что этой секции как таковой нету, а есть какая-то другая, "рогатоцистидная". Вполне логично, что и вульгарис там же.

5) флавесценс/мирата/птеригена/лохваги/веустула/[возможно рапиоленс] - вот как была четкой отдельной кладой, так и есть.

6) пачка новых добавок внизу... Как говорится, "не пришей кобыле хвост". И, действительно, отличий там в генах реально много. К ним бы чего-то сестринского найти бы. Они реально отличны. Но там и потюнить надо, может там кто-то с кем-то еще и сблизится.

 

Ну и тюнинг продолжается. будут еще версии.

 

[=SM= 26 103]

@erlin 

 

Ведем расследование...

 

1) Mycena austera - некачественный сиквенс. Там пол-сиквенса от бьеркандеры, пол-сиквенса от мицены. Подлежит кастрации. Та часть сиквенса, что от мицены - близка к тристис/аетитес.

2) Mycena maurella точно относится к роду Phloeomana. Подлежит ликвидации.

3) Mycena leptophylla, похоже, тоже где-то рядом с Phloeomana, и туда же её. И она не атениелла, (эта у меня как раз в аутгруппе).

4) Mycena picta вообще какая-то "монотипная", к ней как-то-условно-близка только какая-то M.albiceps - туда же, в баню.

 

Mycena amicta, вот честно, удивила. Тоже "сама по себе".

Mycena aciculata - тоже удивила, думал, куда-то пристроится, но вот так...

этих двоих оставлю пока. Вокруг ацикуляты даже добавлю её сестер.

 

Наши ряды редеют...

 

[erlin 3 439]

22 часа назад, =SM= сказал:

1г) аурантиомаргината и стробилиноидес. Здесь, похоже, синонимы.

Ну это смотря какую стробилиноидеa брать за основу. Я бы не удивился, что две нижние робичевские последовательности, некорректно обозваны, т.е. на самом деле это  аурантиомаргината. А верхняя - это настоящая стробилиноидеa...

[=SM= 26 103]

3 часа назад, erlin сказал:

Ну это смотря какую стробилиноидеa брать за основу. Я бы не удивился, что две нижние робичевские последовательности, некорректно обозваны

Это маловероятно. Так как это же с микоквебека, и этот образец у них отсутствует на странице M.strobilinoides (as strobilinoidea).

Однако есть в болде (откуда у них такие картинки (анекдот такой есть)? ) - http://v3.boldsystems.org/index.php/Taxbrowser_Taxonpage?taxid=968670

А это говорит о том, что в микоквебеке её не признали ей. И не показывают как другой вид тоже - я пытался искать по картинке. То есть, они её скрыли. И поглядеть на её описание нельзя...

И что касается Робича - там есть глюки с отдельными сиквенсами, причем такие мощные глюки, что их нельзя списать на ошибки Робича. Это все таки ошибки архивариусов или лаборатории.

Но, нельзя исключать, что высшие силы готовят неотипирование этого вида, и синонимизацию образцов Робича с аурантиомаргинатой.

 

 

[=SM= 26 103]

@erlin 

Еще один промежуточный результат получен. Пока текущее дерево не показываю, так как там никак не разберусь в кладах с M.cinerella и M.clavicularis, галерикулятой и инклинатой, они все время расщепляются по-разному.

А интересно вот что - та самая M.austera, которая была с кривым сиквенсом, после отрезания "бьеркандерной" части легла в кладу с Mycena aetites MCVE 412/a - то есть, получается, что M.aetites s.s. Robich это M.austera s.s. Aronsen. Правда легла она туда "через зад" - так как у 412-ой кусок сиквенса из начала, у O-F-72674 из конца, а связующей стала CBS_222.47 полной длины, с которой у робичевской сходство с началом, а у Аронсеновской - с концом. Но доверие к этому результату есть. Что характерно, M.austera описана Аронсеном в 1994, а у Робича 2007 её нету.

Это в копилку сомнений, "что такое M.aetites" - M.tristis, или вот теперь M.austera. А главная разница то опять в хейлоцистидах, котрые, как уже ясно, значительно отличаются в начале и конце пластинки. И вот Робич записывает свой экземпляр в aetites, а Аронсен описывает вид. И вот тут явно не перепутанный сиквенс.

 

Добавил еще и мицену Рене. Еще не видел, куда она ляжет, но глядя на описание и глазами на сиквенс, думаю, что должна к виридимаргинатам и пурпуреофускам.

Кстати, я удивлён выпадением оттуда рубромаргинаты, и она действительно имеет характерные отличия в сиквенсах, которые говорят о том, что я не ошибся с её выравниванием.

[erlin 3 439]

@=SM= ,

Mycena rosella ещё пристрой к дереву.

M. pelianthina. M.lammiensis.

 

[=SM= 26 103]

50 минут назад, erlin сказал:

Mycena rosella ещё пристрой к дереву.

Эту пристрою.

А вот тех - не буду. В комплексе пуры уже давно без меня показали, что ITS-области недостаточно для идентификации внутри комплекса. Там работа была с тремя генами.

[erlin 3 439]

1 час назад, =SM= сказал:

А вот тех - не буду.

А где видно, что они из этого комплекса?

[=SM= 26 103]

@erlin 

там - https://www.researchgate.net/publication/259113080_A_three-gene_phylogeny_of_the_Mycena_pura_complex_reveals_11_phylogenetic_species_and_shows_ITS_to_be_unreliable_for_species_identification

 

Да оно и так с виду сразу видно. Честно говоря от тебя не ожидал тут такого вопроса.

[erlin 3 439]

14 часов назад, =SM= сказал:

там

Да, это работа у меня была. Давно к ней не обращался.

 

Для меня pelianthina, достаточно обычный вид в широком листе и не смотря на то, что я его вижу каждый год, всегда фотографирую. Не могу себе отказать в удовольствии лишний раз посмотреть на чётко отпунктированные края пластинок. Главная проблема, попасть на фотогеничный экземпляр. Несмотря на свои приличные для мицен размеры (пуровские), вид хлипок. Быстро намокает и быстро сохнет. В итоге, чаще всего выглядит неважнецки.

Инстинктивно, я его всегда ассоциировал с маргинатными секциями.

Ну и Аронсен на странице с M.lammiensis, в конце, писал...

Mycena lammiensis belongs to the section Calodontes (Fr. ex Berk.) Quél. on account of the large size, the purplish or violaceous tints, and the raphanoid odour. Within this section it is placed in subsection Marginatae J. E. Lange together with M. pelianthina (Fr.) Quél. and M. rutilantiformis (Murrill) Murrill because of the intensely coloured lamellar edge ( Mycena lammiensis относится к секции Calodontes (Fr. ex Berk.) Quél. из-за большого размера, пурпурного или фиолетового оттенка и запаха рафаноидов. В этом разделе он помещен в подраздел Marginatae JE Lange вместе с M. pelianthina (Fr.) Quél. и M. rutilantiformis (Murrill) Murrill из-за интенсивно окрашенного пластинчатого края).

 

Он также выделял их отдельно, не ассоциируя с пурой.

P.S. Мне было интересно просто, куда выскочат эти два вида в твоём дереве и насколько их сиквенсы похожи?

 

[=SM= 26 103]

1 час назад, erlin сказал:

Он также выделял их отдельно, не ассоциируя с пурой.

 

Ну как это - не ассоциируя с пурой то? Секция же Calodontes, а пура там. Подсекция для окрашеннопластинчатых логична.

И в моем дереве чудес не будет, она попадет туда же, с пурой-дурой-розеей.

[=SM= 26 103]

@erlin 

Розелла легла сестрой к вульгарис, и не особо далеко от циниреллы и эрубесценс.

Теперь совсем окончетльно - цитриномаргината, оливацеомаргината, пилозелла и альбидолилацеа - неотличимы в области ITS. Так что, тут или "подосиновик разнокожий" (мицена "женственная" - как хочу, так и покрашусь ), или другой ген нужен.

Рубромаргината наконец то "нашла себя" вроде.

А вот отщепление клавикулярис от цинереллы, а также, кто там с ними в компании - нежданчик. Но вот так.

Метат все таки опять непонятно, одна или две - я там устранил косяки, и оно вернулось к парафилетической кладе с  субкладой.

Насколько я понял, выравнивание подошло к наиболее оптимальному, сходимость улучшилось, расщеплений поубавилось. Может и еще придет в голову, где подтюнить, но вот пока "как то так". Считалось на этот раз сутки, 4 млн. генераций понадобилось.

 

myc_algn8e.pdf

 

[=SM= 26 103]

Что-то я разбросал по темам... на фоне обсуждения галереи туда покидал.

 

Две чешуйчатки - одна вообще шикарная, описанная только для америки - https://forum.toadstool.ru/topic/3480-чешуйчатки/?do=findComment&comment=547034

 

Сыроежка-красавица оказалась родом из китая... Тоже неожиданно и очень приятно.  https://forum.toadstool.ru/topic/3486-сыроежки/?do=findComment&comment=547054

 

Меланолеука весенняя подтвердилась совершенно точно. Это Melanoleuca humilis. Можно отправлять в галерею.

 

 

 

 

сиквенс:

 

 

>Melanoleuca humilis

GCCTTTCCTTTGCATTTCCAGTCTATGTTTTTATATATCTACACCCCATTAGTATGTAAT
AGAATGTTTATTATTTGGCCTTTTAGGCCTTTAAAACTTATACAACTTTCAACAACGGAT
CTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAG
AATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCA
TGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAATCCTTTCTGGGTTTACTCTCAGTTGGGCTTG
GATATGGGGGTTTTGCCGGCTTTGTAAAACAAACAAAGTCAGCTCTCCTGAAAGACATTA
GCAGGACTCTTGTTGCAACCTTCTATCTGGTGTGATAATAATCTACATCATAGATTTGTA
CACTATGTCTAGCTTCTAACAGTCCATTAAATTGGACAAAAC
 

 

 

Совпадение в том числе с эпитипом вида на 99.57%, а с экземпляром BRNM 710023 из работы Антонина и ко. по "разделке" M.brevipes - на все 100%

 

[=SM= 26 103]

Еще один китайский пришелец. В 2022 году прямо вал какой-то неописанных для нас видов! Ошибочно мной был определен как галерина лентовидная

 

 

Это Galerina variibasidia. Она близкая родственница лентовидной, поэтому я ее туда и записал, не зная об этом виде вообще ничего. Да и если бы знал, вряд ли сам догадался бы "примерить" китайский вид, как и к той сыроежке, что оказалась Russula  photinia, и причем с абсолютной точностью.

Жаль, ее описание недоступно пока. Придется ждать, когда оно просочится в открытые места, и тогда уже сравнить и микроскопию. Совпадение сиквенса с ее голотипом - HMJAU58768 (почти полное, 99.84% - одно различие - у моей гетерозигота T/C, у их - неизвестно, но одна из зигот в результате сходится на 100% (у голотипа там C)).

 

 

 

>Galerina variibasidia
GGTTGTAGCTGGTCCTCTCGGGGGCATGTGCTCGCCTGTCATCTTTATCTTTCCACCTGT
GCACCCTTTGTAGACCTGAATAGTACTTTCCGAGGCAACTCGGTCGGGAGGACTGCTGTG
CTTTTTATGCCAGCTTTCCTTGCAATATTCAGGCCTATGTTTTTCACATACCCCAAAAAT
GTAACAGAATGTCTTATTGGGCCTTGTGCCTATAAACTATATACAACTTTCAGCAACGGA
TCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCA
GAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGC
ATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTTACCAGCTTTTACGAGTTTTGGTAATG
GCTTGGATGTGGGGGTCTTTTGCTGGCTTCATCAAGAGGTCTGCTYCCCTTAAATGCATT
AGCCGGTGCCCTGCGTGGAGCCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGGACGTCC
ACTTTTAATGGGATGCGCTGCTTCTAACAGTCCATTTACTTGGACAATTAATGACAATTT
GACCTCAAATCA

 

 

 

 

PS

Нашел описание на нее!

 

Galerina variibasidia T. Bau & X.L. Liu sp. nov. 

MycoBank number:— MB 839567 

Diagnosis:—Pileus 8–15 mm diam, conical to paraboloid, yellowish ochraceous to pale brownish. Stipe 42–72 × 2–5 mm, cylindrical. Lamellae light ochraceous to light brown. Basidiospores 9.9–12.2 × 5.6–7.0 μm, amygdaliform, ellipsoid to elongated-ellipsoid, verrucose, light ocher-brown. Cheilocystidia 41–69 × 7–10 μm, lageniform to subfusiform, hyaline to yellowish. Basidia narrowly clavate, 24–35 × 8–11 μm, with three types of sterigmata: thornshaped, long pine needle-like, and 2-branched antler-shaped.  Etymology:—refers to the various shapes of basidia.  Types:— CHINA. Inner Mongolia Autonomous Region: Arxan National Forest Park, Hinggan League, 47° 18′ 50″ N, 120° 29′ 21″ E, elev. 743 m, 22 July 2019, Xiaoliang Liu, HMJAU58768 (holotype!); same location, 22 July 2019, Xiaoliang Liu, HMJAU58769 (paratype!).   Description:— Pileus 8–15 mm diam, conical to paraboloid or approximately campanulate when young, then gradually convex, some umbonate, surface smooth, dry, initially golden brown (5D7), oak brown (5D6) to raw Sienna (6D7) when mature, salmon (6A4) to flesh color (6B3) at the center, hygrophanous at the margin. Context thin, flesh color (6B3). Lamellae adnate, moderately sparse, flesh color (6B3), light brown (6D8) to brown (6C6). Stipe 42–72 × 2–5 mm, cylindrical, hollow, fragile, light brown to brown (6C6), dry, inconspicuously pruinose over the entire length (Figs. 2–3).    Basidiospores 9.9–12.2 × 5.6–7 μm, Q = 1.5–2.1, amygdaliform, ellipsoid to elongate–ellipsoid or narrowly ellipsoid to fusiform, brownish orange (6 C8) to light brown (6D8) in 5% KOH solution, verrucose, ornamentation consisting of low, broad, irregular warts, plage distinctive, dextrinoid (Figs. 4D, 5 B). Basidia 24–35 × 8–11 μm, narrowly clavate, sterigmata variable, usually three forms: thorn-shaped, abundant, 2 or 4, 3–6 μm long (Figs. 4 Ef–g); long pine needle-like, 2 or 4, 10–27 μm long (Figs. 4 Ea–d); and 2-branched antler-shaped including two types, the first type with one bifurcate sterigma (Fig. 5D), another type with two branched sterigmata (Fig. 5D), both forking into antlers. Cheilocystidia numerous, 41–69 × 7–10 μm, thin-walled, densely packed at the edge, lageniform to subfusiform, ventricose near the base and gradually tapering towards the apex, tip blunt and rounded, mostly hyaline, occasionally light yellowish or near Pompeian yellow (5 C6) in 5% KOH solution. Pleurocystidia scattered, 45–62 × 8–11 μm, like the cheilocystidia. Pileipellis a cutis of interwoven hyphae, with cylindrical to inflated segments, 13–21 μm broad, thin-walled, hyaline, pileocystidia absent. Stipitipellis a cutis of interwoven hyphae. Caulocystidia 44–68 × 9–12 μm, like the cheilocystidia. Clamp connections numerous in all tissues.   Habitats:—Scattered, among moss on rotting coniferous stumps, in coniferous Larix sp. forest.   Distribution:— China.

 

PPS

Теперь надо еще и базидии "хитрые" искать.

[=SM= 26 103]

Крупные толстые рядовки из-под Фролищ - рядовка высокая - Tricholoma stans. Я же их записывал в T.roseoacerbum.

 

 

И она бывает с пятнами! А-ля рядовка пятнистая...

 

 

И бывает розоватая в более темном и болотнм месте. За что я ее записывал в T.roseoacerbum.

 

Интересно два момента.

1) а что же тогда я за нее принимал гораздо более субтильное из другого участка леса? Тоже с гладкой, не волокнистой  шляпкой, с рубчатым ее краем беловатого цвета? Или она такая разноформатная может быть. Это просто огромны и толсты.

2) Ключ Morten Christensen & Jacob Heilmann-Clausen не очень работает, наличие пятен не показатель, рубчатость края тоже так себе, чаще есть, но не вот прям на 100%. Цвет края по последней находке, а отсеквенирована именно она, розоватая, тоже... И как их теперь различать... Ну зато я теперь точно знаю, где они растут, можно еще понаблюдать, если повезет.

 

сиквенс:

 

 

>Tricholoma stans

GTTAGGTTGTTGCTGGCTCTTCGGGGCATGTGCACGCCTAACACCAATCTTCTTACCACC
TGTGCACCTTTTGTAGACCTGGATAACTCTCGAGGAAACTCGGTATGAGGACTGCTGTGC
GTCAAAGCCAGCTTTCCTTATATTTCCGGTCTATGTCTTTATATACACCATTTGTATGAC
TATGAATGTTATATCGGACTTGACTGTCCAAATAAACCTAATACAACTTTCAACAACGGA
TCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCA
GAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGC
ATGCCTGTTTGAGTGTCATGAAATTCTCAACCTTTTCGGCTTTTTCTAAGTTGATCAGGC
TTGGATGTGGGAGTTTGCGGGCTTCTCTGAAGTCGGCTCTCCTTAAATTCATTAGTAGGG
ACCTCTGTTGCCTTAGCTTTTGGTGTGATAATTATCTACGCCATCATGTGAAGCAGCTTT
AAATTGGAGGTTACTGCTTTCTAACCGTCTCCCATGGGACATTTTCTGACAATTTGACCT
CAAATCAGGTAGG