Анализ ДНК показал...

[erlin 3 434]

1 час назад, =SM= сказал:

Кстати, в зип пакетах "не айс" - лучше в перманентно сухом месте (в квартире в городе например) в бумажных пакетах.

Белорусские микологи хранят в бумажных конвертах, + промораживают как положено, и всё равно периодически выбрасывают часть коллекций из-за паразитов.

Да, вероятность того, что где-то что-то не досушено, конечно есть...

Споры во всяком случае на отпечатках,  сохраняются хорошо.

[=SM= 26 093]

@erlin 

Проморозка это не от тех паразитов. Грибной паразит не убъешь так. А животные паразиты сиквенсов не портят А вот в бумажном пакете все досыхает само.

[=SM= 26 093]

@erlin 

Вот, смотри, "эпидерсия какая"... Еще мицен набрал в дерево, а компьютер с 8-ядерным пентиумом и 96 гбайт ОЗУ 6 часов его строил. Уже фиг покажешь, как картинку. Я буду дальше добавлять туда виды.

 

http://venus.ru/sm/myc_algn3.pdf

 

1) секции начали лучше вырисовываться. Наконец то и "отпавшая" септентрионалис проявила себя - как Cinerellae

2) ну и бардак у Робича... Архивариус у них что ли пьяый был. Часть из этого перепутать ну никак невозможно!

- M.supina MCVE 128/c - залетела в гущу M.niveipes.

- M.vitilis MCVE 136/f оказалась сангвинолентой. (это же обнаружили авторы статьи про мицены и корни растений)

- M.silvae-nigrae MCVE 515/a по ходу Абрамса (при этом 515 - нормальная)

- M.pseudocorticola MCVE 124/h - оказалась настояшей витилис.

еще побочка -  Mycena capillaripes MCVE 93/d это на самом деле Phloeomana alba. Действительно, отличий от мицен очень много, и достойно рода.

 

3) ну это уже было видно раньше

- похоже, что M.graminicola = M.phoenicis-canariensis = M.arcangeliana (хотя вот тут возможно нужен другой локус)

- Mycena rebaudendoi (rebaudengi) = M.flavescens.

 

PS

Сейчас работает еще один запуск с добавкой толстой пачки видов, которые у нас встречаются, включая всякие маргинаты.

[erlin 3 434]

8 часов назад, =SM= сказал:

Сейчас работает еще один запуск с добавкой толстой пачки видов, которые у нас встречаются, включая всякие маргинаты. 

Хотелось бы чтобы они организовались вокруг capillaripes (имею ввиду маргинаты всякие)

То как у тебя выстраивается дерево, то из Fragilipedes может получится две секции...

Удивительно, что внутри оказалась сангуинолента.

8 часов назад, =SM= сказал:

Наконец то и "отпавшая" септентрионалис проявила себя - как Cinerellae

Да, интересно, на одной из двух моих точек, септентрионалис рос в непосредсвенной близости от цинереллы. Внешне их ничто не объединяет разве что яркий, но разный запах. А вот микроскопия вполне похожа.

А Филлипедесы тоже расколбасило на несколько частей в разные места дерева.

[=SM= 26 093]

10 минут назад, erlin сказал:

то из Fragilipedes может получится две секции...

 

Вот то, что ты обрисовал, пока что "тянет" на одну секцию (возможно две подсекции, но не факт), вместе еще и с капилларипес. А то, что сангуинолента туда попала... Скоро (часика полтора) увидим, куда остальное ляжет, вместе с этим может и тут перелечь чего нибудь. Чем больше набирается видов, тем больше понимания в том, где было не так выровнено. Там есть кусок, в котором можно мозг сломать, как его выравнивать. А еще вопрос, насколько она вообще сангуиноентта, она же тоже Робича.

Я туда зарядил всё остальное, или почти все остальное из того, что у нас попадается, кроме епиптеригии она с первого взгляда больно уж "в стороне".

 

[erlin 3 434]

1 час назад, =SM= сказал:

А еще вопрос, насколько она вообще сангуиноентта, она же тоже Робича.

Надо подгрузить какую-нибудь другую сангуиноленту. Их там есть немного)))

Может получиться, что коллекциям и выводам Робича - грош цена, раз такой бардак в его гербарии.

[=SM= 26 093]

@erlin Отработала деревопостроялка. Да, там кое что поперелегло. Но, ясности не прибавило. Скорее наоборот.

Ощущение, что эти итальянцы перепутали половину сиквенсов. Не думаю, что проблема у Робича. Скорее у тех, кто это всё секвенировал.

 

http://venus.ru/sm/myc_algn5.pdf

 

Я пока сам все не проанализировал, где мои неточности, незамеченные в выравнивании, а где реальные ошибки в определениях и соответствии им сиквенсов. Это только что посчиталось. Тут уже надо много всего просмотреть глазами в выравнивании.

 

Что пока могу прокомментировать:

- попадание Mycena_galericulata_voucher_457_Robich (MCVE 457) в весеннюю M.plumipes - точно не моя ошибка. Это реально так. Там даже по пьяни не промахнешься, сиквенсы вполне выделяющиеся и точно равные.

- Куда попала vulgaris - тоже вроде так и есть " в натуре".

- Mycena_aurantiomarginata_voucher_87h_Robich - ну блин явно же, не Робич тут виноват. Это в копилку того, что те, кто данные в генбанк постили, накосячили.

- Mycena strobilinoidea и M.aurantiomarrginata - да, похоже, один вид (ну или этого локуса мало)

- Mycena_zephirus_voucher_54m_Robich (MCVE 54/m) - ну вот опять...

- Mycena_niveipes_voucher_52_Robich (MCVE 51) ...

- Канадский MQ18R241-QFB30757_Mycena_strobilinoidea - вот вообще нежданчик там. надо перепроверить.

 

Итого я пока делаю только один вывод, что у них или в гербарии MCVE все перемешано (ну вряд ли же, даже в сухом виде много видно, ну и под микроскопом это ведь не перепутать), или кто секвенировал их гербарий, перепутали половину видов и их сиквенсов. Второе - уже похоже на правду. Похоже, все их сиквенсы, попавшие мимо, надо убирать. Или обращаться к ним с вопросами....

 

36 минут назад, erlin сказал:

Надо подгрузить какую-нибудь другую сангуиноленту.

подгружу. Теперь надо не только её подгружать На ночь поставлю еще раз, расширив список образцов.

 

[erlin 3 434]

1 час назад, =SM= сказал:

или кто секвенировал их гербарий, перепутали половину видов и их сиквенсов. Второе - уже похоже на правду. Похоже, все их сиквенсы, попавшие мимо, надо убирать. Или обращаться к ним с вопросами....

Косяки идут от...

Submitted (02-MAY-2011) Environmental Science, Policy and
            Management, University of California, Berkeley, 130 Mulford Hall,
            Berkeley, CA 94720, USA

Проверил 4 сиквенса Робича на предмет - кто, где, когда - все 2011года, калифорнийский универ.

 

[=SM= 26 093]

1 час назад, erlin сказал:

Проверил 4 сиквенса Робича на предмет - кто, где, когда

Ну это и проверять не надо - это было в рамках вот этого https://www.researchgate.net/publication/236604471_Filling_Gaps_in_Biodiversity_Knowledge_for_Macrofungi_Contributions_and_Assessment_of_an_Herbarium_Collection_DNA_Barcode_Sequencing_Project

И в этой бригаде есть и САМ миценовед. Там к этой работе был и список видов в экселе - вот там в конце они https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0062419

Неспроста на их сиквенсы маловато ссылок... Пока только в меанолеуках видел.

 

Но уже четко понятно, что косяков там с перепутыванием образцов и сиквенсом.... Мама не горюй.

Я, кстати, не удивлен. Мне из лаборатории приходят файлы, по названиям вообще никак не связанные с моей исходной нумерацией. Я догадываюсь только потом, когда начинаю работать с ними, что к чему

Я даже пока не знаю, как им отправлять пачку похожих филипедесов. В крайний раз я их просил оставить соответствие с моей нумерацией, но фиг вам.

 

Сангвиноленту где брать... ну у меня только пока идея - оттуда - http://v3.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=NOBAS7178-19

остальные из BOLD-а или стащенные из генбанка, или вообще посевы.

 

[erlin 3 434]

1 час назад, =SM= сказал:

Я даже пока не знаю, как им отправлять пачку похожих филипедесов. В крайний раз я их просил оставить соответствие с моей нумерацией, но фиг вам.

Надо как-то решать этот вопрос.

Иначе беда будет. Надо прописать это как архиважный момент.

Их программа автоматически присваивает номера, но пусть они рядом с твоими, добавляют свои, только с гарантией. Ну этому лаборатории учить не надо.

 

[=SM= 26 093]

Пока что "лбом в стену"

Я отправлял пробирки со стикерами вот такими -  C-04/1, C-05/1, С-06/1, C-07/1, Д-03/9, Д-04/x (и в сопроводиловке их так перечислил)

А получил пары сиквенсов (прямые и обратные) под номерами m1, m2, m3, m4, m5 и m6

Единственное что могу сказать, что порядок их следования совпал. Уже дважды. Но...

 

[erlin 3 434]

2 часа назад, =SM= сказал:

Сангвиноленту где брать...

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW540669.1

Ну этим хочется верить

[=SM= 26 093]

28 минут назад, erlin сказал:

Ну этим хочется верить

Не факт. У них выборка маленькая, даже меньше, чем у меня.

Я пока больше верю тому, что в NOBAS.

Но, если брать именно эту, то она соответствует сангвиноленте MCVE 100 из робичевских. Не зря ведь они указали вот это в приложении к своей работе - я именно им и поверил.

 

 

Но у них там своих косяков хватает.... Смотрим в их таблицу из приложения... (https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2021/03/23/2021.03.23.436563/DC1/embed/media-1.pdf?download=true)

 

А теперь смотрим в генбанк:

 

Ну как так??? Как завещал товарищ Ленин - доверяй, но проверяй! И эта сангвинолента тоже.

 

 

Похоже им лаборатория тоже перемешала номера из гербария с результатами. У них там ничерта не сходится с тем, что они же в генбанк выложили! Или они там все обкурившиеся в своих нидерландских европах...

Надо собрать своих мицен всех этих видов и самим отсеквенировать Ну или ждать пока кто-то все голотипы отсеквенирует. И еще не перепутает потом.

 

 

 

[=SM= 26 093]

@erlin 

А с другой стороны... Вот если смотреть на эту "секцию":

 

Ведь структура цистид у всей этой братии имеет явную схожесть... И многие другие структуры (ПП, СП).

 

Или вот, если сравнивать пурпуреофуску с виридимаргинатой. Ведь структура гиф и цистид очень близка, споры близки. Обитание - у обоих на древесине хвойных. Запах... У первой незначиельный, у второй от незначительного до нитрозного. Цистиды у обоих пигментированнные, дающие окраску края. Что разное? По сути, только пигмент ведь. А может быть, что это просто разные "расы" одного вида, на что явно намекает анализ ДНК? Ну, то есть, как "негр" и "монгол" - один пурпурный, второй зеленый?

 

Далее... Пилозелла и цитриномаргината... Я неспроста пилозеллу добавил, Робича, с которой моя сошлась (морфологически). Вот моя волосатоногая "пилозелла"...

 

Её ХЦ недалеко ушли от цитриномаргинаты, и структура ПП тоже. Вот да, волосы в СП - да. Если так на это посмотреть, то они действительно, может быть, близкие сёстры, вплоть до разновидности...

 

Это я к чему... Похоже, тут надо уже искать общее между теми, кто попал в клады рядом, а не искать ошибки в обработке данных (это тоже, но тут оно уже вряд ли даст серьезные изменения). Я вот пока даже и не придумал, кого еще набрать в этот анализ (после проверки сангвиноленты, которую сделал отдельно).

 

Ну и я пока не стал строить новые деревья, так как не нашел ни крупных косяков в выравнивании, ни того, что еще добавить значимого в выборку.

[erlin 3 434]

25.05.2022 в 09:21, =SM= сказал:

- M.supina MCVE 128/c - залетела в гущу M.niveipes.

 

16 часов назад, =SM= сказал:

- Mycena_niveipes_voucher_52_Robich (MCVE 51) ...

 

16 часов назад, =SM= сказал:

Mycena_zephirus_voucher_54m_Robich (MCVE 54/m) - ну вот опять...

 

25.05.2022 в 09:21, =SM= сказал:

M.silvae-nigrae MCVE 515/a по ходу Абрамса

 

16 часов назад, =SM= сказал:

Mycena_aurantiomarginata_voucher_87h_Robich

 

16 часов назад, =SM= сказал:

Mycena_galericulata_voucher_457_Robich (MCVE 457)

 

25.05.2022 в 09:21, =SM= сказал:

M.pseudocorticola MCVE 124/h

надо убирать из дерева (переименовывать не наша задача), эти позиции точно мешают построению и восприятию.

 

По поводу добавить.

Вот здесь хотелось бы большей ясности, в смысле, которая из 3 более "аркангелианистее"...

Можно добавить несколько аркангелиан и посмотреть какая клада увеличится...

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW540739.1

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT644906.1

Последний сиквенс прикольный - 6220 bp. Это что за последовательность такая?

 

Хотелось бы большей ясности с Supinae...

Особенно в части supina и meliigena. И здесь снова бардак благодаря Робичевским сиквенсам. Но в Генбанке слабо по альтернативе.

[=SM= 26 093]

56 минут назад, erlin сказал:

надо убирать из дерева (переименовывать не наша задача), эти позиции точно мешают построению и восприятию.

Их надо будет цветом выделить, как ошибочные, каким нибудь неярким, чтобы в глаза не бросались. Это потом.

 

56 минут назад, erlin сказал:

Вот здесь хотелось бы большей ясности, в смысле, которая из 3 более "аркангелианистее"..

Там все они вполне себе нормальные. Некий разброс из-за неточности секвенирования, все таки же метод сам по себе дает 98..99% точности (ну правда почти 100% когда в двух направлениях секвенируется - но на "концах" все равно 98..99%). У некоторых там гетерозиготы есть. То есть там скорее всего все поголовно арканжелистые.

На граминиколу можно посмотреть у Робича. Это её голотип, к слову.

На эту phoenicis-canariensis - там https://www.researchgate.net/publication/354969521_ADICIONES_A_LA_MICOBIOTA_DE_LAS_ISLAS_CANARIAS_XIII_AGARICOMYCETIDAE

в этой работе есть еще арканжеля, MZ596172.1 (TFC Mic. 25383) - у нее соответствие с JF908402 99.9% (одна буква из 638) - нет смысла её сюда добавлять.

Остальные, что не Робича (которые MCVE 252/b и 252/f ) - вот - как оценить их "арканжелистость", я не знаю.

http://v3.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=NOBAS2806-16

http://v3.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=NOBAS7201-19

http://v3.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=NOBAS7202-19

http://v3.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=NOBAS7790-19

 

phoenicis-canariensis - отличие в 4 буквах и трех инсерциях/инделях от 252/b.

граминикола отличается от MCVE 252/b в 4 буквах и одном инделе.

А 252/b отличается от 252/f тем временем отличается в трех буквах и одном инделе.

таким образом, возможно, phoenicis-canariensis тянет на "f." или "var." - но тут надо их еще несколько.

А вот всё остальное скорее всего конспецифично друг другу.

 

при этом там есть вот такие отличия - это далеко не факт, что отличия, это могут быть недоработки декодирования хроматограмм.

 

 

56 минут назад, erlin сказал:

Последний сиквенс прикольный - 6220 bp. Это что за последовательность такая? 

Там "наш" участок (ITS1-5.8S-ITS2) находится в области 916....1703 (он зацепляет еще кусочек LSU).

1...916 - это SSU (18S)

1704...до упора - это остаток LSU (28S).

У неё соответствие с JF908402 на 99% (785 из 789) - нет смысла её туда добавлять, она "в общей тенденции".

 

56 минут назад, erlin сказал:

Особенно в части supina и meliigena. И здесь снова бардак благодаря Робичевским сиквенсам.

А вот здесь как раз Робичевские сиквенсы не виноваты. Тут нужна ревизия, нужны сиквенсы голотипов или неотипирование, и сиквенсы дополнительных локусов.

По крайней мере пока что видно, что существует M.juniperina и M.pseudocorticola. А вот есть ли супина и мелиигена, и что именно они есть, это большой вопрос, и я его никак не решу. Это надо еще супин и мелииген. А у меня эти твари не растут. Я только на Натальиных заглядываюсь, она их показывает каждый год.

И, главное, еще локус какой нибудь, для всех них, включая типовые образцы, что вообще не в моей компетенции.

[erlin 3 434]

1 час назад, =SM= сказал:

А 252/b отличается от 252/f тем временем отличается в трех буквах и одном инделе.

таким образом, возможно, phoenicis-canariensis тянет на "f." или "var." - но тут надо их еще несколько.

А ведь в молекулярке похоже отказались от "f." или "var.", судя по закладываемым концепциям в паутинниках. Все вариации и формы после секвенирования либо синонимизируются, либо приобретают самостоятельные имена.

Поэтому интересно, как ложатся в филогенетике многочисленные вариации, например той же полосатоножковой?

 

[=SM= 26 093]

11 минут назад, erlin сказал:

А ведь в молекулярке похоже отказались от "f." или "var.", судя по закладываемым концепциям в паутинниках.

Ну не везде так. Я совсем недавно где-то встречал в филогенетике var., не в паутинниках.

 

У меня еще косячки есть в выравнивании.

Похоже, что мегаспора почти= галерикулята.

[erlin 3 434]

@=SM= ,

предположу, что некогда обозванный вид как "f." или "var.", после молекулярки подтверждает свою самостоятельность, ему могут оставить это имя, если оно было первым либо ему нужно давать новое имя. Это уже зависит от концепции.

[=SM= 26 093]

1 час назад, erlin сказал:

предположу, что некогда обозванный вид как "f." или "var.", после молекулярки подтверждает свою самостоятельность, ему могут оставить это имя

Неа, там именно смысл в достаточности отличий в генах для выделения вида, или недостаточности, но достаточности отличий для f/var

 

------------------------

Добавил еще мицен - некую виридимаргинату, сангуиноленту не Робича, клавикулярис не робича и тех двух арканжель  с твоих ссылок.

Первая из них, по ходу дела, не арканжели вообще, глядя глазами на выравнивание. Скорее всего улетит в "ксантолеуки".

Исправил несколько косячков выравнивания, один довольно значимый в мегаспоре.

Поставил на полтора миллиона генераций... Ждем-с часа три с половиной - четыре.