Паутинники

[=SM= 31 594]

9 минут назад, erlin сказал:

Именно эта последовательность из миссии.

И что? Для чего эта длинная цитата? Это не отменяет того, что в этой конкретной последовательности нет LSU, а от нее только микрокусочек порядка 1% всей её длины, если не меньше, который не информативен.

В приложениях к статье есть полный список использованных последовательностей, и помечены короткие исключенные.

 

 

[=SM= 31 594]

Вот сравни размеры последовательностей:

С большим куском LSU (обратный праймер NL4) - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY669661.1/

С микро-обрывком LSU (обратный праймер ITS4) -https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT935125.1

 

[erlin 3 510]

@=SM= 

Я не до конца понимаю, как расшифровывать написанное, поэтому и спросил у тебя. И честно говоря, не понимаю, как меняется качественно последовательность с добавлением того или иного куска локуса LSU. И может не ту последовательность привёл в качестве примера.

Да, длина разная  в приведенных тобою примерах - 541 и 1141.

 

[=SM= 31 594]

@erlin 

Под "короткими сиквенсами" они подразумевают "обрывки" - они, как правило, получаются если имеется значительная гетерозигота, ну либо материал плохо сохранился.

Вот это пример, вероятно, с гетерозиготой (не факт, но похоже) - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT935160.1/

Вот это пример просто "короткой последовательности", вероятно некачественный материал, или неподходящие для него праймеры - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT934850

 

А добавление LSU (или иного локуса) просто, как правило, увеличивает достоверность данных. Хотя не всегда. То есть, если вид поддержан в обоих локусах - это лучше, чем если он поддержан только в одном.

 

 

[erlin 3 510]

Мне интересно, какие последовательности triumphans/ophiopus ты сравниваешь?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=Cortinarius+ophiopus

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=Cortinarius+triumphans

Например, самая длинная у ophuopus 682 bp , есть 350 и 575

а у triumphans длинная 1322 bp, а есть 1321, 692, 656, 670,1276 и 594.

Как при сравнении получается 100% соответствие, если они даже просто длинами все отличаются?

Или ты сравниваешь какие-то участки?

[=SM= 31 594]

41 минуту назад, erlin сказал:

Или ты сравниваешь какие-то участки?

Да, пропуски в начале и конце выравнивания считаются не информативными и отбрасываются. Также отбрасывается значимая "дырка" посередине, если есть (это результат сборки прямого и обратного сиквенсов).

Та, что 350 - это голотип офиопуса как раз, он же наверняка очень старый, поэтому там только обрывок получился.

К примеру, офиопус KF732609.1 позициями 1...682 полностью совпал с позициями 3...684 триумфальника AY174799.1 - то есть, локус ITS1-5.8S-ITS2 у них на 100% одинаковый, ну а LSU у офиопуса нету.

Тот офиопус, что 575 длиной, он "дырявый" - у него есть "врезка" из 4 букв посередине. Такое есть признак плохой склейки прямого и обратного сиквенса, которые вышли по какой-то причине короткими. То есть эту врезку с большой вероятнстью надо исключить из сравнения (а для точного исследования надо смотреть хроматограмму, но где же её взять - в BOLDе их выкладывают, а в генбанке - нет). В остальном он также полностью совпадает с началом AY174799.1

Голотип, от которого дают 350 оснований, своими основаниями 9...350 полностью совпадает с основаниями 1...342 AY174799.1.

 

Вот 682 совпадения - это более чем достаточно для выводов.

То, что видно в том, что 575 - также более чем достаточно для выводов, в том числе и о том, что его чуток криво собрали из обоих хроматограмм.

342 полных последовательных совпадений (при полном отсутствии различий, инделей и инсерций) - очень неплохая вероятность, глядя, к примеру, на разницу его же с "сестринским" Cortinarius kutoevorii - он в этом же куске отличен в 29 основаниях (90%) и 9 инделях/инсерциях.