Паутинники

[erlin 3 444]

2 часа назад, =SM= сказал:

Копался я вокруг ларгусов в работе The largest type study of Agaricales species to date: bringing identification and nomenclature of Phlegmacium (Cortinarius) into the DNA era

И что обнаружил... Оказывается, не осталось места для привычного всем нам Cortinarius triumphans.

По каким-то причинам приоритетность Cortinarius ophiopus не прижилась после той работы. А сейчас Cortinarius triumphans переобулся ...

Phlegmacium triumphans (Fr.) Niskanen & Liimat., comb.nov. (=Cortinarius triumphans Fr.)

[=SM= 26 132]

5 минут назад, erlin сказал:

А сейчас Cortinarius triumphans переобулся ...

Да, а заодно и "пол сменил"... Он теперь равен C.vulpinus CFP781 (он же C.triumphalis), а вовсе не офиопусам (генетически далёкие вещи). Я предыдущий пост поправил.

И теперь я не знаю, что мы собираем. Подозреваю, что офиопусы.

[erlin 3 444]

У офиопуса тоже сейчас самостоятельный статус...

Phlegmacium ophiopus (Peck) Niskanen & Liimat., comb.nov.(=Cortinarius ophiopus Peck)

И у этого тоже...

Phlegmacium triumphale (Bidaud, Moënne-Locc. & Reumaux) Niskanen & Liimat., comb. nov.(=Cortinarius triumphalis Bidaud, Moënne-Locc.& Reumaux)

[=SM= 26 132]

10 минут назад, erlin сказал:

И у этого тоже...

Phlegmacium triumphale (Bidaud, Moënne-Locc. & Reumaux) Niskanen & Liimat., comb. nov.(=Cortinarius triumphalis Bidaud, Moënne-Locc.& Reumaux)

 

Это ошибка в базе данных. В работе - вот так:

 

 

Но это не отменяет того, что офиопус это офиопус, и он генетически равен тому, что мы всю жизнь считали триумфальными.

Еще раз, вот что случилось:

Cortinarius triumphalis (=C.vulpinus CFP781 де факто) - стал Phlegmacium triumphans (и это не то, что теперь Phlegmacium vulpinum, т.е. Брандруд ошибся)

Cortinarius ophiopus (TYPE !!) генетически равен многим образцам, ранее определенным как C.triumphans, включая те два, что я давал ссылки. И они теперь никак не должны именоваться триумфальными.

 

Выходит, что мы собираем и маринуем офиопусы. Блин. Собрать его и отсеквенировать что ли?

 

[erlin 3 444]

1 час назад, =SM= сказал:

Это ошибка в базе данных. В работе - вот так:

Сергей, не под тем углом смотришь...

[=SM= 26 132]

59 минут назад, erlin сказал:

Сергей, не под тем углом смотришь...

 

Ааа... Ну это уже легче. Просто комбинации обновили.

 

Но это все равно же не отменяет того, что вот конкретно те "триумфальники", на которые я дал ссылки, оказались офиопусами. Офиопусов никто не отменил. А что же теперь триумфальный? Почему-то не делают сиквенса для его неотипа CFP172...

И я ОЧЕНЬ подозреваю, что если я отсеквенирую свои, то и они окажутся офиопусами, которые пока что отдельный от триумфальников вид.

 

[=SM= 26 132]

@erlin 

Вот ведь что главное - вот это "s.auct"

 

 

То есть, они сами не считают их одним видом. Иначе бы сделали синонимами. А пишут, что "есть такое мнение". Поэтому вопрос остается. Если именно те грибы, ранее определенные триумфальными - офиопусы, а это уже установленный мной факт, то что такое тогда настоящий триумфальный? И надо ли теперь проверять мои грибы на то, офиопусы они или не офиопусы? Или подождать?

[erlin 3 444]

2 часа назад, =SM= сказал:

 

1 час назад, =SM= сказал:

Cortinarius triumphalis (=C.vulpinus CFP781 де факто) - стал Phlegmacium triumphans (и это не то, что теперь Phlegmacium vulpinum, т.е. Брандруд ошибся)

Cortinarius vulpinus CFP781 отсеквенировался в C. triumphalis Bidaud, Moënne-Locc. & Reumaux 2000 ещё в 2014г. а сейчас переобулся во Phlegmacium triumphale (Bidaud, Moënne-Locc. & Reumaux) Niskanen & Liimat., comb. nov.

Брандруд ошибочно, как оказалось позже, обозвал коллекцию CFP781 - C.vulpinus...

Причём тут Phlegmacium triumphans?

2 часа назад, =SM= сказал:

Но это все равно же не отменяет того, что вот конкретно те "триумфальники", на которые я дал ссылки, оказались офиопусами. Офиопусов никто не отменил

они то изначально были офиопусами, судя по таблицам, но кто-то их считал триумфансами.

2 часа назад, =SM= сказал:

А что же теперь триумфальный? Почему-то не делают сиквенса для его неотипа CFP172...

видимо не надо, т.к. с Phylogenetic Relationships of European Phlegmacium Species (Cortinarius, Agaricales) 2003 есть секвенс...

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY174799.1

[=SM= 26 132]

1 час назад, erlin сказал:

Причём тут Phlegmacium triumphans?

 

Это было причем, когда я прочитал вот так:

 

теперь не причем.

 

1 час назад, erlin сказал:

Cortinarius vulpinus CFP781 отсеквенировался в C. triumphalis Bidaud, Moënne-Locc. & Reumaux 2000 ещё в 2014г.

Вообще то об этом я уже писал выше. Я это взял именно из этой работы. Зачем повторять? Это, вообще, "уже проехали".

 

1 час назад, erlin сказал:

видимо не надо, т.к. с Phylogenetic Relationships of European Phlegmacium Species (Cortinarius, Agaricales) 2003 есть секвенс... 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY174799.1

Это не тип (голо-, нео-, и т.д.) Это просто экземпляр. А CFP172 - это неотип. Это две большие разницы. В работе 14-го года нет никакого образца триумфального, что и очень подозрительно. Самый распространенный и известный паутинник - и вдруг нету его в такой работе!
 

1 час назад, erlin сказал:

они то изначально были офиопусами, судя по таблицам, но кто-то их считал триумфансами.

Нет. Ни CMMF020711 (YL4157), ни  O-F-75514 никто не считал пока офиопусами. Это я их взял и сравнил, и это только что выяснил. Они - офиопусы, они на 100% соответствуют его голотипу. Указанный тобой только что AY174799 - тоже де факто офиопус, тоже 100% соответствует его голотипу. Только что сравнил.

Ну а то, что KF732365 ранее был офиопусом, ну это же и ежу понятно, он же голотип его (странно, как-то он выпал из их дерева - оказался указан "сбоку"). И KF732609, и UDB000729 тоже были офиопусами. Про них нет вопросов, и они тоже 100%-но равны друг другу все трое.

 

Вопрос же остается - а что такое настоящий триумфальный? Если он не офиопус. А пока он не офиопус.

[erlin 3 444]

11 часов назад, =SM= сказал:

Это не тип (голо-, нео-, и т.д.) Это просто экземпляр. А CFP172 - это неотип. Это две большие разницы. В работе 14-го года нет никакого образца триумфального, что и очень подозрительно. Самый распространенный и известный паутинник - и вдруг нету его в такой работе!

Тип не тип, однако именно эту коллекцию используют для сравнения. И у Супа в A phylogenetic approach to a global supraspecific taxonomy of Cortinarius
(Agaricales) with an emphasis on the southern mycota 2019 в том числе...

Получается, что TUB011461 Eur - непринятый тип

Почему нет секвенса неотипа CFP172 до сих пор? Сложно сказать, может образцы плохо сохранились, а может тупо пропустили, когда собирали набор для исследований в 2014г.

А по поводу самого распространённого. Ой не факт, что в Европе он распространён. У них берёз столько нет сколько у нас и почвы другие.

Вон канадцы, например, пишут что редкий и малоизвестный вид в Квебеке...

 

[=SM= 26 132]

1 час назад, erlin сказал:

Ой не факт, что в Европе он распространён.

Ну Суп считает, что распространен. Пишет "Under Betula in woods and parks; fairly common." И берез, значит, там в их Швеции в достатке.

Брандруд в описании CFP172 пишет в комментариях  (гуглеперевод с какого-то скандинавского) - " Комментарий: Часто растет вблизи населенных пунктов и является, по крайней мере, в Северной Европе, одним из самых известных паутинников. "

 

А такую вот "засаду" до сих пор не распутали...

Ты вроде общался с паутинниковедами - может, спросишь кого-то из них, что с этим делать? Что если определять по описаниям, получается триумфальный, а если сравнивать генетику, то получается офиопус (так как есть его типовой образец).

[erlin 3 444]

@=SM= ,

я бы не заморачивался на предмет триумфального.

Да, есть небольшой косяк с его типизацией, но не более того. Пока, нигде отношение к этому виду не изменилось.

И Брандруд в сибирской работе 2019г., его показывает таким, как мы его себе представляем...

И последняя геномная работа показала что вид валиден, жаль только что на дереве его не видно там.

У этого вида всегда было некое обособленное положение. Поэтому интересно было бы увидеть приткнули его в какую-нибудь секцию или он по-прежнему отдельный?

Как-нибудь при случае спрошу и финнов.

[=SM= 26 132]

15 минут назад, erlin сказал:

Да, есть небольшой косяк с его типизацией, но не более того.

Тоже мне небольшой? ИМХО, очень большой. Синоним ли он с офиопусом? Если да, отлично. Если нет, то что есть эти виды и кто есть кто? Наверняка же неспроста его нет в работе 2014, что с ним что-то неладно.

 

Про секцию... По работе 2014, если допустить, что они синонимы (по крайней мере с образцом TUB011461 они явно синонимы), то там видна неназванная секция из него, Cortinarius kytoevuorii и C. subrugulosus. Но пока да, не названная.

[erlin 3 444]

1 час назад, =SM= сказал:

Тоже мне небольшой? ИМХО, очень большой. Синоним ли он с офиопусом? Если да, отлично. Если нет, то что есть эти виды и кто есть кто? Наверняка же неспроста его нет в работе 2014, что с ним что-то неладно. 

 

Ну, так дали офиопусу новую отдельную жизнь...

Я думал ты видел.

[=SM= 26 132]

47 минут назад, erlin сказал:

Ну, так дали офиопусу новую отдельную жизнь...

С одной стороны, это просто формальность в новых комбинациях. А с другой стороны именно это и смущает.

Если все "известные" последовательности якобы настоящих триумфальных оказались при моей проверке на 100% офиопусами, а в известных работах об этом как-то подозрительно умалчивается, то что же тогда останется триумфальному, если он не стал синонимом?

 

[erlin 3 444]

20 часов назад, =SM= сказал:

Если все "известные" последовательности якобы настоящих триумфальных оказались при моей проверке на 100% офиопусами

Видимо это тот случай, когда одной области ITS не хватает.

Не просто так уже в "Миссии..." использовали и область LSU, чтобы разрешились многие, давно висевшие спорные вопросы.

Или ты уже сравнивал "длинные" последовательности?

[=SM= 26 132]

@erlin 

Я не сравнивал другие локусы, их просто нет в генбанке.

Тут дело в том, что пока еще такого не было ни разу и нигде, чтобы в ITS1-5.8S-ITS2 было 100% совпадение, то есть все поголовно буквы и нет инсерций/делеций, а другой локус показал отличие, достаточное для выделения вида. Спорные моменты возникают не таким образом, а когда в одном локусе нет достаточной поддержки клады, но есть достаточная разность, а в другом есть поддержка.

Хотя, если тут случится впервые такой прецедент, то будет интересно.

[erlin 3 444]

1 час назад, =SM= сказал:

Я не сравнивал другие локусы, их просто нет в генбанке.

Нет по сравниваемым triumphans/ophuopus?

По многим другим видам - есть же?...

Cortinarius heterocyclus voucher H:I. Kytovuori 95-608 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

[=SM= 26 132]

20 минут назад, erlin сказал:

Нет по сравниваемым triumphans/ophuopus?

У двух триумфальников, включая тот самый TUR, есть еще кусочек SSU. У офиопусов нет ни SSU, ни LSU.

 

20 минут назад, erlin сказал:

По многим другим видам - есть же?...

Это из серии "на заборе написано". Конкретно в этом - от LSU начальный кусочек длиной дай бог в десяток оснований. Праймер ITS4 почти всегда его захватывает, так как он цепляется на начало LSU, а праймер ITS4-B чуть больше захватывает, чуть подальше.

[erlin 3 444]

1 час назад, =SM= сказал:

Конкретно в этом - от LSU начальный кусочек длиной дай бог в десяток оснований.

Именно эта последовательность из миссии.

Для типов они старались использовать именно такие варианты...

The short ITS sequences of type specimens were excluded from the phylogenetic analysis. To improve the resolution of phylogenetic analyses we included 146 published LSU sequences from GenBank to our dataset. The chosen LSU sequences are from different parts of Telamonia and they were mostly obtained from Garnica et al. (2005), Harrower et al. (2011), and Stensrud et al. (2014). Sequences from section Dermocybe Pers. were selected as an outgroup based on Stensrud et al. (2014). A total of 919 ITS and 146 LSU sequences were aligned separately for both regions using MAFFT 7 (Katoh and Standley 2013) with the G-ING-i
algorithm (Katoh et al. 2005)( Короткие последовательности ITS типовых экземпляров были исключены из филогенетического анализа. Чтобы улучшить разрешение филогенетических анализов, мы включили в наш набор данных 146 опубликованных последовательностей LSU из GenBank. Выбранные последовательности LSU происходят из разных частей Telamonia, и в основном они были получены от Garnica et al. (2005), Харроуэр и др. (2011) и Stensrud et al. (2014). Последовательности из секции Dermocybe Pers. были выбраны в качестве внешней группы на основании Stensrud et al. (2014). В общей сложности 919 последовательностей ITS и 146 последовательностей LSU были выровнены отдельно для обеих областей с использованием MAFFT 7 (Katoh and Standley 2013) с G-ING-i. алгоритм (Katoh et al. 2005).