Рядовки и говорушки

[Доцент 49 905]

Свой среди чужих, чужой среди своих...))

[erlin 3 509]

4 часа назад, =SM= сказал:

То есть, он явно куда-то еще стремился попасть, причем вообще в какие-то совсем другие клады, но чуть большая вероятность его приткнула таки сюда.

Правильно, эволюцию никто не отменял.

Эволюционный процесс в начале пути и где-нибудь на "другом конце", по-разному выглядит.

А пластинки (их способ крепления), это не самое главное в определении семейства. В роде важнее.

[=SM= 31 553]

38 минут назад, erlin сказал:

Правильно, эволюцию никто не отменял.

Я говорю не про эволюцию, а про неточность математических методов и субъективность выбора как участков генома, так и метода построения дерева. Когда баесов метод дает 0.99, а ML - 37% - это очень подозрительно. А когда 0.88/12 - то тем более. Более менее хорошо доверять можно только тогда, когда и апостериорная вероятность хорошая для Байесова метода, и бутстрепный процент метода максимума правдоподобия тоже (больше 50%), причем одновременно. А такие цифры говорят о том, что один метод (Байесов) поместил вид в эту кладу, а другой метод (максимального правдоподобия) - в совсем другую кладу. А то, что нам показали - субъективный выбор именно Байесовского дерева, и эволюция тут не причем, просто оно им больше понравилось. А дерево ML - они скрыли, хотя его увидеть было бы не менее интересно, там явно было иное расположение много чего.

 

То есть - вывод тут может быть только один - это дерево требует доработки до тех пор, пока апостериорные вероятности не будут близки к бутстрепным процентам. Доработка должна заключаться в изменении выбранных участков генома, возможно, в оптимизации выравнивания, возможно изменения модели эволюции, и/или метода учета делеций-инсерций. А в таком виде дерево "плохое". И тут ничего личного, сугубая математика.

[erlin 3 509]

3 часа назад, =SM= сказал:

А в таком виде дерево "плохое". И тут ничего личного, сугубая математика.

Ну, изначально то дерево у них было другим.

Можно посмотреть supplementary file к работе...

https://studiesinmycology.org/index.php/issue/121-studies-in-mycology-no-107

Авторы сами понимают, что "математика" плохая и что их гипотеза с этой математикой требует дополнительных подтверждений).

 

Pluteineae consisted in two major clades: the family Amanitaceae plus Leucocortinarius (0.99 PP) and a clade formed by Limnoperdaceae, Melanoleucaceae, Pluteaceae and Volvariellaceae (1 PP). While the Bayesian support for the entire suborder (0.88 PP) is subsignificant, this is probably due to the existence of gaps in the diversity analyzed and/or a low ratio signal/noise in the sequences included in the analysis.
Analyses lacking Leucocortinarius produced a significant support for the rest of Pluteineae (i.e., Supplementary Fig. S1). Genomic studies of Leucocortinarius are necessary to confirm it truly belongs to the family Amanitaceae.

 

( Pluteineae состояли из двух основных клад: семейства Amanitaceae плюс Leucocortinarius (0,99 PP) и клады, образованной Limnoperdaceae, Melanoleucaceae, Pluteaceae и Volvariellaceae (1 PP). Хотя байесовская поддержка для всего подотряда (0,88 PP) незначительна, это, вероятно, связано с существованием пробелов в анализируемом разнообразии и/или низким соотношением сигнал/шум в последовательностях, включенных в анализ. Анализы, в которых не было Leucocortinarius, предоставили значительную поддержку остальным Pluteineae (т. е. дополнительный рисунок S1). Геномные исследования Leucocortinarius необходимы для подтверждения его принадлежности к семейству Amanitaceae)

 

В работе есть несколько коментариев (вполне логичных),например на стр.126, в пользу гипотезы включения Leucocortinarius в Amanitaceae.