Паутинники

[erlin 3 509]

@=SM= 

Сергей, если ты посвятишь данной работе немного времени, то ты поймёшь, каковы были цели и задачи данной работы.

В двух словах.

Многие образцы, считавшиеся типовыми, до "Mission..." никогда не были в молекулярке. И этот "косяк", был чуть ли не основной целью работы.

 

 

[=SM= 31 561]

2 часа назад, erlin сказал:

И этот "косяк", был чуть ли не основной целью работы.

Я достаточно много времени ей в том году посвятил. И я так не считаю - по моему твердому мнению это лишь побочный эффект от этой работы, что некоторые виды, ранее считавшиеся типовыми, оказались другими видами. А главная цель работы была все же глобально разобрать род по секциям рода, и довольно грубо показать реальный состав секций, без излишнего внутрисекционного энтузиазма. И это было сделано. Ну и теперь, как следствие, нужны дополнительные исследования уже внутри каких-то секций, где образовались "нежданчики", для уточнения что там внутри к чему.

[erlin 3 509]

2 часа назад, =SM= сказал:

Я достаточно много времени ей в том году посвятил

Тогда бы ты не написал эту фразу по поводу C.casimiri...

6 часов назад, =SM= сказал:

А какая разница то, отсеквенированы они до статьи, или для статьи?

Не в этом суть. А в том, были отсеквенированы или нет?

Я свои размышления по поводу "Mission..." высказывал, начиная отсюда (там несколько обильных постов)...

http://mycoweb.borda.ru/?1-3-1624737100329-00000930-000-120-0#037

Поленился тогда скопировать в профильную тему здесь.

[erlin 3 509]

3 часа назад, =SM= сказал:

А главная цель работы была все же глобально разобрать род по секциям рода, и довольно грубо показать реальный состав секций, без излишнего внутрисекционного энтузиазма. И это было сделано.

В целом - да. Я так и писал на ГКО...

 

«Liimatainen et al. 2020» поставила изначально грандиозную цель - представить новую версию к пониманию подрода Telamonia, а также дать обширную базу данных ITS для определения видов.
В том числе и по старым известным коллекциям
 

[=SM= 31 561]

16 минут назад, erlin сказал:

Тогда бы ты не написал эту фразу по поводу C.casimiri...

Это с чего бы?

Тут все просто. В генбанке каждый кто хочет, называет свой образец как хочет, как ему кажется, что определил, ну и депонирует туда сиквенсы. Вот даже я могу что-то отсеквенировать и влить туда под тем названием, как мне кажется что верным. Поэтому, если сиквенсы оттуда уже участвовали в каких-то работах ранее, и на основании этих работ понятно, что гриб был определен там (в генбанке) +- верно, то его можно использовать и в работе такого уровня, и в дальнейших. Если сиквенс не участвовал в каких-то серьезных работах, или из них железобетонно не следует то, что этот сиквенс принадлежит к указанному виду (или хотя бы комплексу),  то его и нет смысла использовать. В этом случае проще отсеквенировать что-то своё, к чему доверия будет больше, чем изучать с нуля всю подноготную тех образцов, что были депонированы. По всей видимости, именно это и случилось с C.casimiri, о чем я и сказал выше - не нашлось готовых сиквенсов с хорошей степенью доверия к определению вида.

 

И я ни разу не меняю свое мнение - нет никакой разницы, отсеквенирован образец до статьи и взят из генбанка (юните и т.п.), или отсеквенирован специально для статьи - весь вопрос исключительно, подчеркну это слово - еще раз исключительно в доверии к изначальному определению вида указанного в генбанке, и более никаких тут причин нет. А вот потом, если у кого-то возникнет желание, то этот кто-то сможет разобрать весь генбанк и сделать работу, которая расставляет все точки над "i" в этих генбанковских образцах, кто из них есть реально кто, и кто был занесен туда под верным названием, а кто под неверным. Таких работ, в общем то немало уже есть в разных родах. Это особенность генбанка - там невозможно что-то изменить после занесения. И поэтому там не просто большое количество сиквенсов, приписанных некорректно определенным видам, а огромное количество таких ошибочных видов. И чтобы убедиться, что там название вида указано верно, надо найти работу, где этот образец упомянут, и из которой явно следует отсутствие грубых ошибок. А иначе такой сиквенс бесполезен в подобных работах, где род разбирают по секциям, и нужен эталонный образец. А вот в работах по внутрисекционному разбирательству, оно, да, полезно, рассмотреть подробно всё то, что понакидали в генбанк, и установить истину по каждому образцу. Но это другая работа, принципиально другая.

[erlin 3 509]

Хорошо, давай по-другому.

Ответь на вопрос. Откуда взялась секция Megaspori?

Вернее, даже так. Почему она появилась?

Уверен, что ты быстро и легко ответишь на этот вопрос.

[=SM= 31 561]

@erlin 

Тут все просто - потому что таков был результат молекулярного анализа у этих товарищей, который показал, что там, вероятно, не один вид. А, может, они уже и раньше что-то там подозревали.

Но давай не путать результаты и исходные данные. Результаты верны лишь тогда, когда исходные данные верны. Поэтому нельзя все подряд брать из генбанка, а надо крайне скурпулёзно подходить к подбору исходных данных, допуская туда только то, что по мнению авторов максимально соответствует предполагаемым видам.

[=SM= 31 561]

И более даже скажу - эти ребята продолжают активно потрошить паутинники...  Глядя на IF #477 - можно предположить, что "бывшие" теламонии теперь окучивают, которые в "миссии" были исключены, так как уже было ясно, что они другой подрод. Так что можно ожидать "миссию часть 2". Раз номенклатурные новинки по вне-теламонийным секциям уже есть, а статьи-то пока нет...

Потом, есть надежда, что и до внутрисекционных дел доберутся. Но, тут сам понимаешь, не факт что им интересно то, что нам

 

PS

А еще меня ОЧЕНЬ интересует новинка "IF №462". Паутинников она не касается, но касается моих любимых говорушек. Полгода уже прошло, даже больше. А статьи-то так и нет!

[erlin 3 509]

11 часов назад, =SM= сказал:

А еще меня ОЧЕНЬ интересует новинка "IF №462". Паутинников она не касается, но касается моих любимых говорушек. Полгода уже прошло, даже больше. А статьи-то так и нет!

Обычно под такими номерами IF фиксирует не статьи, а бюллетени с нововведениями.

И под номером 462 всего ничего...

http://www.indexfungorum.org/Publications/Index Fungorum no.462.pdf

[=SM= 31 561]

7 минут назад, erlin сказал:

Обычно под такими номерами IF фиксирует не статьи, а реестры с нововведениями.

В том-то и дело, что каждой номенклатурной новинке должна, а точнее обязана, соответствовать "правильно опубликованная" статья, соответствующая определенным требованиям номенклатурного кодекса, на базе которой эта новинка становится легитимной. А как понимать номенклатурную новинку при отсутствии такой статьи? Я это себе представляю только так, что статья будет вот-вот, причем авторы абсолютно уже уверены, что она пройдет все необходимые рецензии и будет принята сообществом.

 

Что там "всего ничего", как бы, да. Но это "всего ничего" - целых два семейства! Даже не рода! Это очень даже "чего" - вынос их из трихоломовых вообще.

[erlin 3 509]

59 минут назад, =SM= сказал:

Я это себе представляю только так, что статья будет вот-вот...

Но эта статья не будет под №462. Она будет со своим названием.

[=SM= 31 561]

9 минут назад, erlin сказал:

Она будет со своим названием.

Да какая разница, под каким названием она будет, если ее нет? Суть моих вопросов в том, что на IF уже есть номенклатурные новинки №462 и №477, а статей, которые их легитимизируют, я не нахожу. Вот что странно! Они что, "для узкого круга ограниченных людей (с)", что ли? Вроде ведь никто пока не отменял требований по публикации таких статей в рецензируемых изданиях.

Там, в новинках IF, они все "nov." уже, а не "prov.", а "nov." подразумевает ведь же то, что это наименование уже корректно и полноценно опубликовано! Вот как так?

[erlin 3 509]

@=SM=

Некоторые работы пишутся годами.

А предварительные выводы, которые ложатся в основу будущей работы, могут появиться загодя. Особенно если важно зафиксировать первенство в этих выводах.

№№438 и 439 появились в реестре 30.04.2020, а "Mission...", в основу которой они легли, появилась в публичном доступе почти через полгода.

1 час назад, =SM= сказал:

Они что, "для узкого круга ограниченных людей (с)", что ли?

Как правило, да (на какое-то время).

[=SM= 31 561]

6 минут назад, erlin сказал:

А предварительные выводы, которые ложатся в основу будущей работы, могут появиться загодя. Особенно если важно зафиксировать первенство в этих выводах.

Так вот в том и дело, обращу внимание еще раз - в таком случае оно должно быть "nom.prov.",  а не "nom.nov". А статус "nom.nov." обязывает к тому, что это имя УЖЕ должно быть полноценно опубликовано.

Ну или один-два абзаца в этих IF-овских номерных публикациях нынче и считается "полноценно опубликовано"....

[=SM= 31 561]

Ну да. Опасения подтвердились. И куда же катится мир... Теперь значит можно так просто публиковать новые имена, закинув лишь абзац на IF...

Вот с MB пример - имя легитимно, и именно на основании номерной публикации на IF.

[erlin 3 509]

5 часов назад, =SM= сказал:

Теперь значит можно так просто публиковать новые имена, закинув лишь абзац на IF...

Почему абзац?

Целый бюллетень...

http://www.indexfungorum.org/Publications/Index Fungorum no.477.pdf

Он абзацем выглядит на MB, а на IF - нормальным документом.

Tuula Niskanen & KareLiimatainen застолбили за собой данные и выводы, которые позже выйдут в работах.

Например...

https://link.springer.com/article/10.1007/s11557-020-01665-6

Пока она не публична, так отдельные фрагменты.

Причём эта работа других авторов.

 

[=SM= 31 561]

Только что, erlin сказал:

Почему абзац?

Имеется в виду один абзац на один таксон конечно же, а не то, что там много абзацев и много таксонов

[erlin 3 509]

26.06.2021 в 22:34, =SM= сказал:

Тут все просто - потому что таков был результат молекулярного анализа у этих товарищей, который показал, что там, вероятно, не один вид. А, может, они уже и раньше что-то там подозревали.

Ну понятное дело подозревали, но подозрения без молекулярного анализа, а именно без филогенетической концепции, долго и остаются подозрениями.

Одно дело просто выдрать последовательность из образца, другое - найти этой последовательности место в филограмме.

Причём, это место находится благодаря соответствующему оборудованию и программному обеспечению. Т.е., "практически автоматически". Но, перед этим практически автоматически, выполняется огромный кусок работы, связанный со сбором материала, его подготовкой, извлечением инфы из него и т.д.

Например, есть теламонийный образец с большими спорами и его не всегда понятно куда приткнуть даже имея последовательность.Эту последовательность надо сравнить с другими последовательностями и тогда, может появиться понимание. Вот именно этот сравнительный анализ - важная часть почти всех работ в настоящее время.

В последнее время всё меняется достаточно быстро. Даже на примере секции Megaspori это можно увидеть. Вот так она выглядела в "Mission..."

Смотрите в нижней части находится С.hemitrichoides. Почему это имя оказалось здесь и вообще откуда оно, кем и когда придумано?

Если посмотреть в IF, то достаётся следующая информация...

Current Name:
Cortinarius hemitrichoides Bidaud & Moënne-Locc., in Bidaud, Moënne-Loccoz, Reumaux & Carteret, Atlas des Cortinaires (Meyzieu) 19: 1506 (2010)

 

Понимается это так.

Впервые, паутинник с таким именем появился во французском справочнике паутинников Atlas des Cortinaires, в 2010 году.

В 2010 году секвенирование ещё не было общедоступной процедурой, в те годы она только набирала обороты и находилась в стадии становления. В паутинниках, примерно в те годы, был ещё разброд и шатание. Французы продолжали некогда выбраный путь, а именно - не особенно разбираясь в глубину таксономии, штамповали новые имена  и размещали их в глянцевых справочниках.

В последствие, этот путь окажется не самым плохим, с точки зрения первенства в наименованиях.

Этих справочников они наштамповали достаточно много, а теперь, когда молекулярка стала более доступной и эффективной, они сами, а также с помощью всех желающих, проводят ревизию созданных имён.

Надо сказать, они не просто штамповали имена, но и создавали описания и всё тщательно гербаризировали.

Образец Cortinarius hemitrichoides, как и многие другие, стали объектами исследований в "Mission...". После секвенирования и молекулярного анализа было сгенерировано филогенетическое дерево. Благодаря существующим на сегодняшний день критериям оценки, сформировалась секция, которую назвали Megaspori.

А критерии очень узкие (в переводе из "Mission...")...

...мы использовали 1% (5 различий) в качестве порогового значения для видов. Когда последовательности типов отличаются по крайней мере в 5 пунктов друг от друга, мы рассматривали их как разные виды. Мы не утверждаем, что все отклонения ниже 1% автоматически являются внутривидовыми. Однако разделение видов ниже порогового значения в 1%, требует тщательного изучения. Поэтому мы добавили префикс aff. к латинскому имени в тех случаях, когда есть 3-4 различия в последовательностях другого типа. С двумя отличиями мы использовали обозначение

s. lato.

Использование этого подхода указывает на места, где определение таксономических синонимов может быть проблематичным и требует дальнейшего изучения. Кроме того, когда макроскопические, микроскопические и / или экологические данные значительно различаются, хотя последовательности ITS одинаковы, мы не помещаем таксоны в синономию.

 

Cortinarius hemitrichoides повезло. Он смог сохранить своё имя в использованном наборе данных этой работы. Об этом говорит выделение его имени жирным и отсутствие конкурентов в подкладе - C. hemitrichoides 2157 TYPE France.

 

Почти одновременно с "Mission..., другими финскими микологами шла работа, оформившаяся в том же 2020 году в Diversity of boreal small species of Cortinarius subgenus Telamonia with Salix.

У данной работы были другие цели и задачи и использовались несколько другой набор данных (выше в этой дискуссии мы упоминали о ней)

В ней конкретно разбирался комлекс видов C.casimiri, растущих с ивовыми деревьями. В это комплекс попали образцы ранее определяемые, как C.rufostriatus.

А также один из образцов C. hemitrichoides. По сгенерированному филогенетическому дереву, они предполагают, что данный образец  C. hemitrichoides является синонимом к C.rufostriatus....

Они делают соответсвующую запись в своей работе....

Cortinarius rufostriatus J.Favre, Ergebn.
Wiss. Unters. Schweiz. Natl. Parks 5 (33):
204 (1955)
Synonym Cortinarius hemitrichoides Bidaud &
Moënne-Locc., Atlas des Cortinaires 19:
1506 (2010)

Т.е., C.rufostriatus должен быть приоритетным по существующим правилам, т.к. зарегистрирован в 1955г.

Уже прошёл почти год после выхода в свет этих двух работ, в IF пока синонимизацию не провели...

http://www.speciesfungorum.org/Names/SynSpecies.asp?RecordID=567871

http://www.speciesfungorum.org/Names/SynSpecies.asp?RecordID=295952

Это к вопросу об инертности IF. А вот в Генбанке всё поправили, там все последовательности теперь C.rufostriatus,  в том числе и голотипа из  "Mission" - C. hemitrichoides 2157 TYPE France...

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT935112.1

На всякий случай, кто не умеет пользоваться данным ресурсом. Открываем его, в строке поиска слева устанавливаем Nucleotide, а справа - C.hemitrichoides, нажимаем Search (поиск)...

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?term=cortinarius+hemitrichoides&cmd=DetailsSearch

Самый верхний секвенс и есть наш C. hemitrichoides 2157 ( Cortinarius rufostriatus voucher PC:2157 ).

 

И на этом свистопляска с приоритетным именем может не закончится.

Возможно в какую-то работу попадёт образец, некогда обозванный иначе, а последовательность и вся остальная морфология с экологией совпадут. Если имя данному образцу было присвоено раньше чем 1955г, то ему и отдадут приоритетность.

 

[erlin 3 509]

По поводу C.casimiri.

Первоописание вида тянется с 1921года.

Telamonia casimirii Velen. [as 'casimiri'], České Houby 2: 464 (1921).

 

Я даже его нашёл...

 

Первая молекулярка с анализом по данной группе паутинников была в 2009г. - Study on Cortinarius subgenus Telamonia
section Hydrocybe in Europe, with especial emphasis on Mediterranean taxa.

Так вот в ней было сказано...

Мы не смогли изучить типовой материал для C. casimiri, потому что он не сохранился. Однако мы изучили морфологически (последовательности не удалось получить) восемь коллекций Романьези C. casimiri (как C. subsertipes), что позволило нам узнать типичные признаки (и их изменчивость) для этого вида. Все остальные коллекции, которые мы изучили, очень хорошо соответствовали персонажам, представленным в коллекциях Романьези, включая образцы, использованные в молекулярном анализе.

 

Т.е., типовой образец по протологу Веленовского от 1921года, не сохранился.

Но у них были гербарные образцы Cortinarius subsertipes Romagn.(1952), по морфологии они их изучили и приравняли к Telamonia casimirii Velen. [as 'casimiri'], České Houby 2: 464 (1921). Видимо из-за качества сохранности образцов Романьези, вытянуть из низ последовательность не удалось.

В итоге, эти плохие образцы они сравнивали с имеющимися нормальными образцами, более позднего сохранения, с которых они получили последовательности.

 

Видимо эта длинная цепочка допущений, многим дотошным микологическим умам, не позволяет принять в настоящее время С.casimiri, как валидное имя. Тем более, когда есть вероятность, что под ним скрывался целый комплекс видов (как минимум 3).

 

Пока же в IF, в качестве приоритетного по-прежнему висит.

Cortinarius casimirii (Velen.) Huijsman [as 'casimiri'], Fungus, Wageningen 25: 20 (1955) ...

http://www.speciesfungorum.org/Names/SynSpecies.asp?RecordID=628453

Видимо у Хьюсмана был найден самый ранний образец, который приравняли к casimiri и из которого сделали новый типовой образец, дописав его авторство к Веленовскому. Я не смог пока вскрыть , Fungus, Wageningen 25, поэтому это моё предположение.

 

Скорее всего качество последовательностей, в работе 2009года, не подходило для "Mission..." 2020, поэтому их и не включили в неё.

 

Вопрос: останется что-то за C.casimiri или нет, открыт.

Как по мне, то нет. Но возможно, какие-то ниточки и дополнительные изучения будущего, отыщут место для данного имени. Посмотрим.

Но с каждым годом неисследованных типовых образцов прошлого, всё меньше и меньше.

 

 

[=SM= 31 561]

А теперь делаем небольшой, но очень простой и результативный фокус.

 

Берем образец "MN841034" - это "ивовый" образец KK 1246/06 - который в статье про ивовые теламонии считается "C.casimiri"

 

 

И ищем совпадения с ним. И находим очень интересное совпадение.

 

А теперь лезем в "Миссию". И находим эти совпавшие образцы там, как "C. derelictus 4107 TYPE France"; C. decipientoides Moënne-Locc. & Reumaux 1988 367 (holotype) и C. decipientoides TN03-1566. Правда, третье совпадение почему-то выпало из дерева в "миссии", но первых двух предостаточно уже.

 

 

Вывод - то, что в "ивовой" статье считается C.casimiri, а именно два нижних образца из дерева, с точки зрения "миссии" следует считать "C.decipientoides".