Анализ ДНК показал... - Страница 2 - О грибах и не только - Грибы средней полосы Перейти к публикации
=SM=

Анализ ДНК показал...

Рекомендованные сообщения

erlin

Мне кажется, форма моих цистид, а также толщина стенок несколько иная, нежели у твоих...

DSCF0614-(web_1280x1024).thumb.jpg.73eb22df2715a6e62e9bebd582fe1db1.jpgDSCF0615-(web_1280x1024).thumb.jpg.5d69ecadb3640966bc0b33fddfe83794.jpg767088245_.thumb.jpg.34bc19d083780a1ea8510405d614e84f.jpg578487395_1.thumb.jpg.3d1823ea9292c8b839f160bc3d64db80.jpg681148870_0614-15.thumb.jpg.77a95bfba9bc8e4d702c4eac75f0fdf7.jpg

Находка конца августа прошлого года.

Либо сентябрь 2018г...

http://pagan-cancan.by/species/Inocybe_umbratica/Inocybe_umbratica.htm

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=

@erlin 

Ну да, и потолще стенки, и нет таких закругленных снизу (а такие как у твоей в моей тоже есть, но не так много). Но если ты в ней уверен абсолютно, то это значит, что и те, и другие цистиды ей подходят, так как моя-то теперь абсолютно точно именно она.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=
12 часов назад, erlin сказал:

Интересно, что в итоге получится.

А в первом итоге вот что получилось:

- Моя метата все таки настоящая метата. И это радует. Отлегло прямо. Нет там никаких двух групп метат. Это косячное онлайн-дерево было (точнее, косячное автовыравнивание). Так что, можно в галерею её.

- Метата c арканжели является парафилетической группой (не истина в последней инстанции, но вот пока так получается в текущем моём выравнивании)

- мирата и флавесценс "где-то далеко". А мирата, по ходу, вероятно не филипедес (глядя глазами на выравнивание) - очень отличается огромными инсерциями десятками оснований. Даже по сравнению с пурой, не говоря об остальных филипедесах. Соответственно её позиция в дереве вряд ли верная, для нее надо набрать еще чего-то близкого к ней. К ней вроде ближе всего Mycea pterigena, которая вообще в своей секции (не уверен, но с виду как бы да). Исходя из этого мои "мираты" с подстилки и бревен не факт, что мираты (а вот дохлики со мха на коре ольхи скорее всего да).

- есть в генбанке какая-то "отколовшаяся" от всех MW540739.1 Mycena arcangeliana voucher TUR148293, которая явно не Арканжели, а вообще непонятно кто (UPD: уже понятно. M.xantholeuca).

 

493816939_2022-05-1300_25_59-iTOL_InteractiveTreeOfLifeMozillaFirefox.thumb.png.f273cec7cc5ed4ebf784bbf5653170c9.png

 

Вторые итоги будут уже осенью, если будет возможность продолжать секвенировать и будут новые "филипедесы".

 

  • Класс!!! 1

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
erlin
11 часов назад, =SM= сказал:

- Моя метата все таки настоящая метата.

Здорово:sm73:

11 часов назад, =SM= сказал:

- есть в генбанке какая-то "отколовшаяся" от всех MW540739.1 Mycena arcangeliana voucher TUR148293, которая явно не Арканжели, а вообще непонятно кто.

Да, это интересно. А именно, почему её назвали Mycena arcangeliana?

Это не старая последовательность, а новая. Причём из интересной интернациональной работы - Mycena species can be opportunist-generalist plant root invaders (2021).

Про выводы в этой работе я некогда уже писал, а именно, что мицены, ранее считавшиеся чистыми сапротрофами, могут оказаться родом с более сложной системой питания...

 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=
9 часов назад, erlin сказал:

А именно, почему её назвали Mycena arcangeliana?

Ну это всё просто. Тот, кто её в гербарий помещал, её определил ошибочно. Кто, когда и почему - я не знаю. Ну и пошло-поехало. Под этим ваучером в гербарии числится арканжели, поэтому её в генбанк под этим именем и поместили. А что она ксантолеука, выяснилось уже потом (а может еще и не выяснилось, а я случайно заметил).

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=

@erlin 

Я продолжаю расширять своё филипедесное дерево, и улучшать вручную качество выравнивания. Вот, сегодняшний вариант. И информации к размышлению в нем немало. Между Арканжели и метатой бутстреп плохой, то есть там +- кто от кого. А вот в миратно-птеригеновой области бутстрап выше 70-80!

 

 

2022-05-15 17_40_58-iTOL_ Interactive Tree Of Life — Mozilla Firefox.png

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
erlin
18 часов назад, =SM= сказал:

Между Арканжели и метатой бутстреп плохой,

переведи...

В смысле, невелика разница в последовательностях?

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=
47 минут назад, erlin сказал:

В смысле, невелика разница в последовательностях?

В смысле, что они пока так и остаются парафилетической группой, но вот кто от кого там произошел - неоднозначно, "метатная" ветка имеет такое расположение всего в 53% случаев построенных деревьев, а в 47% случаев наоборот, как в предыдущем раскладе было. Ну и там есть неоднозначные места в выравнивании.

 

А вот кого-то реально близкого к мирате так пока и не вычислил - вот показательный кусок рДНК - там всё видно, какая "вставка" есть у мираты в том месте, где у остальных в наборе только отдельные кусочки:

PinLvec.png

 

Мне интреснее другое, зачем Робич придумал M.rebaudengoi (rebaudengi?) если она 100%ная флавесценс (s.s. Aronsen). (а вот наши с M.lohwagii в томске явно ошиблись). Жаль нету сиквенса флавесценс из коллекции Робича, все эти из NOBAS.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=

@erlin 

Ну вот собрал вроде всех, кого хотел (ну разумеется из тех, что нашел в доступе), то есть филипедесов и другие секции с подобной микроскопией цистид и пеллисов, которые по моим личным представлениям тоже должны быть в этой же секции. Подготовился к внедрению своих "как бы мират" (они же "недометаты")  и "сецесс".

Еще очень много интересного вылезло.

1) "Ксантолеук" есть аж три штуки. И бутстрепы там вполне хорошие.

2) Робич не дружит с M.supina - в его коллекции 128а попала явно "не туда". Хотя... Может и туда, но тогда 128c не туда.

3) в M.meliigena/M.pseudocorticola/M.juniperina полный бардак. Там есть три клады. При этом, опять, 124h Робича явно выделяется от всех, включая его же 124a. Ну и уже ясно, что ключ Робича, основанный на цвете шляпок, явно "мимо кассы". (если, конечно, там не надо для идентификации другой участок ДНК)

4) M.graminicola из коллекции Робича (причем, голотип!) попала в Арканжели. А с виду - ну где там Арканжели? Хотя споры (по Робичу) намекают.

5) Некая M.phoenicis-canariensis (не понял откуда её ноги растут) попала туда же.

6) метат, все же, может быть две. "средняя метата" отдалена от "дальней" примерно так же, как и от Арканжели. Вот там, похоже, надо дополнительный участок ДНК для разборок.

7) "M.lohwagii" из Томска, попавшая в флавесценс... Странно. Находка и определение было нашей бригадой какой-то. Вроде ведь виды не похожие, M.lohwagii это что-то птеригенообразное, и тоже на мхах растет. Получается, что и флавесценс может расти на мху.

8) M.rebaudengoi (там голотип), ну это мы уже видели, это M.flavescens (s.s.Aronsen, Робичевской M.flavescens нет в доступе).

9) Расположение M.septentrionalis - немного неожиданно.

10) M.aff.alexandri - это так, для справки, действительно выделяется "огромной" вставкой в последовательность по сравнению с обычной M.alexandri. И они вообще в том самом участке гена, который показан выше, "не от мира сего", как и "мираты", но по-своему.

 

1271322903_2022-05-1613_49_46-iTOL_InteractiveTreeOfLifeMozillaFirefox.thumb.png.3e59087646769b35dca93bb8e76e71b6.png

356539927_2022-05-1613_52_32-iTOL_InteractiveTreeOfLifeMozillaFirefox.thumb.png.995195a92049369e27a53703a63a3b5e.png

 

 

PS

А еще случайная находка - "M.capillaripes MCVE 93/d" = "M.alba MCVE 112/f и 112/i" - вот опять, ну как их перепутать? А значит можно!

  • Спасибо! 1

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
erlin
3 часа назад, =SM= сказал:

6) метат, все же, может быть две. "средняя метата" отдалена от "дальней" примерно так же, как и от Арканжели. Вот там, похоже, надо дополнительный участок ДНК для разборок.

Видя как происходила верификация в других семействах предположу, что двухспоровые и четырёхспоровые вариации могут получить самостоятельный статус.

А твоя метата какая, 2-х или 4-х? Или у тебя смесь?

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=
5 минут назад, erlin сказал:

А твоя метата какая, 2-х или 4-х? Или у тебя смесь?

Вроде двух. Нету у меня спец-фоток с базидиями, а те несколько, что попали на фотки с ХЦ, все двух.

 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
erlin

Нашёл фотку ближайшего родственника твоей метаты (из нижней части дерева)...

1488969786__21.thumb.jpg.11cbb38f5b00fe0e6b0881ee26f363b5.jpg

Хочу сказать родственность хорошо заметна, хотя эти найдены в Северной Америке.

  • Класс!!! 1

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=

@erlin 

Да. Внешняя схожесть удивительная. Вплоть до тонких оттенков. Я эту фотку видел, она же лежит там, откуда я сиквенс брал, на болде.

А заметь, у них в описании сказано про ХЦ - 27-38 x 9-17 µm и "13-14 lames atteignant le pied" - а ведь это по-европейски не могло бы быть метатой, так как ключевой признак как раз длина ХЦ и L. А у моей вот так (это не общая выборка, а тех, что подлиннее попались) -  (38.78) 39.20 - 54.64 (66.29) × (9.22) 10.08 - 18.38 (18.86) µm. И я определил её как метату именно по этим находкам цистид.

 

А еще глядя вот на это - http://v3.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=NOBAS2647-16

Ну и где тут признак L>22 ?? Эта мицена тоже из "нижней части", но уже найдена в Норвегии, и видно кем.

Или на это - это уже из "верхней" части  - http://v3.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=NOBAS7684-19

По ходу дела, все ключи по этим метатам неправильные. И тогда мои "мираты - недометаты" тоже могут легко быть метатами, ведь я их отсеивал именно по L совместно с ХЦ, а споры там условно-близкие. Но, они еще и имеют другую "цветность".

В общем и целом, если в части конкретно моих этих экземпляров молекулярка просто всё подтвердила, то в общем и целом - скорее запутала.

 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
erlin
3 часа назад, =SM= сказал:

По ходу дела, все ключи по этим метатам неправильные.

Ну, раз мы по ним не можем определять свои находки, значит нам эти ключи не подходят.

3 часа назад, =SM= сказал:

И тогда мои "мираты - недометаты" тоже могут легко быть метатами

Мне думается, так и получится.

Тут, подсматривая за североамериканской метатой на ...

https://www.mycoquebec.org/bas.php?trie=M&l=l&nom=Mycena metata / Mycène conique&tag=Mycena metata&gro=28

... обратил внимание на описание спор

Миндалевидные споры, гладкие, гиалиновые, амилоидные, 8-10(12) x 4-6 мкм для базидий с 2 стеригмами, 7-9 x 4-5 мкм для базидий с 4 стеригмами

Мне всё не даёт покоя, почему никто. кроме Робича не находил M.secessa?

И канадкая четырёхспоровая по размерам спор практически вписывается в M.secessa. Так может и наши с тобой M.secessa, попадут в верхнюю часть метат.

А значит, моя идея насчёт самостоятельных статусов этих метат, вполне может оказаться жизнеспособной.

 

 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=
43 минуты назад, erlin сказал:

7-9 x 4-5 мкм для базидий с 4 стеригмами

Ну вот это, как раз-то, и не коррелирует с  Аронсеном, у которого " or 8.5-11.8 x 4.5-6.5 μm (from 4-spored basidia) ", и с Робичем, где примерно те же данные.

Здесь я как раз думаю, что канадцы нашли сецесс, и примешали их в метаты, оттуда там и такие короткие цистиды, и L, и размеры этих спор. Ну, либо, там еще что-то американское существует. Но тут поможет только секвенирование моих (или находка данных с измерениями подобных уже отсеквенированных).

Здесь бы узнать измерения конкретно этих их экземпляров с фотки на сером фоне, но это же не реально.

 

Кстати, я тут объединил выравнивания от мицены Натальи с этими филипедесами, столько там всего странного навылезало. Аж жесть там. Я все больше подозреваю, что ITS1-5.8S-ITS2 область может оказаться в будущем признанной неэффективной для таксономии мицен, так как там много чего мимо классических секций попадает. Но, опять же, на сколько мне видно, в выравнивании пока очень много "пробелов" эволюционных, то есть надо еще видов добавлять.

519291542_2022-05-1714_09_56-iTOL_InteractiveTreeOfLifeMozillaFirefox.thumb.png.90c9ca2eb5dd4430d329ac7f00faa89f.png

 

1429054181_2022-05-1714_06_51-iTOL_InteractiveTreeOfLifeMozillaFirefox.thumb.png.af4cbabcc094189a241f99e63d3a9d1c.png

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
erlin
1 час назад, =SM= сказал:

Аж жесть там. Я все больше подозреваю, что ITS1-5.8S-ITS2 область может оказаться в будущем признанной неэффективной для таксономии мицен, так как там много чего мимо классических секций попадает

Так, те секции формировались по морфологическим признакам, а молекулярка, может дать другой расклад.

И никто молекулярку под старую классику подгонять не будет.

А методику, да, возможно, будут применять иную.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах
=SM=
58 минут назад, erlin сказал:

И никто молекулярку под старую классику подгонять не будет.

Ну, как бы, пока что видно по многим другим родам, что еще как пытаются подгонять. Если не нравится, как ложится все по ITS, добавляют SSU/LSU/tef-1a/rpb2 и смотрят, что выходит.

И у меня еще выравнивание нельзя сказать, что пока еще оптимальное. Я все еще вычисляю места, где можно пооптимизировать, а в одном сиквенсе (aff.alexandri) нашел явный косяк при изготовлении его консенсусной последовательности (раздвоили один участок). Это "общее дерево" было "так", первая прикидка ради интереса.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на других сайтах

×
Яндекс.Метрика