Отчеты и загадки 2020

[=SM= 31 650]

5 часов назад, erlin сказал:

с помощью кого ты хочешь это сделать?

предварительно с помощью московской конторы "синтол". А там поглядим, срастется ли вообще.

 

5 минут назад, erlin сказал:

Получается что №№14 и 15 - это один вид.

А были сомнения после первой части микроскопии?

Я пока вижу лишь одно - что не решена проблема выделения длинных цистид, не порвав их. У меня собственно тоже самое на свежем материале.

А на сухом, ну пока нету сухого, так и жду подвига Натальи по их отправке.

[erlin 3 510]

29.11.2020 в 13:45, =SM= сказал:

Кстати, не обрывать длинноногие цистиды, это задача еще та. Я ее оптимально пока не решил.

Я для последних двух делал по несколько препаратов, сделал много фото, ну не могут же все динногие обламываться, что-то да осталось бы..

И только пару цистид было на границе 47-48.

Сегодня снова попытался (44-45)...

[erlin 3 510]

1 час назад, =SM= сказал:

А были сомнения после первой части микроскопии?

По большому счёту нет, но для проформы сделать надо было, чтобы убедится в том, что полиморфизм на других параметрах не столь силён.

У меня ещё есть находки того дня с таким же запахом....

Одна из них была на сосновой шишке, остальные вроде на сосновом мусоре.

Споры и цистиды, если не поленюсь посмотрю.

[=SM= 31 650]

11 минут назад, erlin сказал:

ну не могут же все динногие обламываться, что-то да осталось бы.

Вот могут. И остаются отдельно вершки и отдельно корешки.

[erlin 3 510]

Вижу такое, к сожалению их не соединить)), но как правило, это происходит после множественных придавливаний и смещений.

[=SM= 31 650]

1 минуту назад, erlin сказал:

но как правило, это происходит после множественных придавливаний и смещений.

Ну да. А иначе они глубоко в гимений вросшие. И как их оттуда выдрать целыми, надо еще голову поломать.

[erlin 3 510]

2 часа назад, =SM= сказал:

предварительно с помощью московской конторы "синтол". А там поглядим, срастется ли вообще.

Ты думаешь они что-то достоверное смогут выдать, если у них не микологический профиль?

В лучшем случае достанут по каким-то генам секвенсы и поймают разницу между принесенными образцами.

[=SM= 31 650]

24 минуты назад, erlin сказал:

В лучшем случае достанут по каким-то генам секвенсы

А мне это и надо. Профиль конторы нужен простой - надо чтобы они умели:

1) выделять ДНК из образцов

2) синтезировать праймеры (какие я им скажу)

3) проводить полный цикл секвенирования "междупраймерных" кусков (ожидаемо 600-700 п.о. - это по Сэнгеру в данном случае - амплификация, электрофорез, и т.д.).

А они это как раз умеют и за вполне разумную цену, при этом у них как раз средняя длина ридов 800 п.о. и не менее 600, что просто идеально для задачи. А обрабатывать полученные сиквенсы я буду сам уже. То есть в данном случае мне нужна контора, которая имеет нужное оборудование и людей, которые им умеют пользоваться, и за разумную цену. И на этом всё.

[erlin 3 510]

1 час назад, =SM= сказал:

1) выделять ДНК из образцов

Ну и для примера подскажи им чем пользуются, например, паутинниковеды...

DNA was extracted from a few milligrams of dried material (a piece of lamella) with the NucleoSpin Plant kit (Macherey-Nagel, Düren, Germany.

Интересно какова цена набора...

https://www.mn-net.com/nucleospin-plant-ii-mini-kit-for-dna-from-plants-740770.50

 

[=SM= 31 650]

8 минут назад, erlin сказал:

чем пользуются, например, паутинниковеды

Им не надо ничего подсказывать, кто чем пользуется. Им это глубоко всё равно. Им надо дать конкретные последовательности праймеров для 3' и 5' концов интересующего заказчика (меня) участка, ну и материал, а они отдадут результат в виде наборов буковок A/T/C/G.  Последовательности праймеров я знаю. А протоколы для ПЦР это уже их дело, там для разного оборудования они разные, и тут уже мои подсказки будут совершенно не к месту.

[erlin 3 510]

1 час назад, =SM= сказал:

Последовательности праймеров я знаю.

Откуда?

Или знаешь где взять?

[erlin 3 510]

1 час назад, =SM= сказал:

а они отдадут результат в виде наборов буковок A/T/C/G. 

Это мы видели, как ты это анализировать будешь?

[=SM= 31 650]

6 минут назад, erlin сказал:

Откуда? 

Да полно статей на эту тему, начиная от базового Уайта и ко 1990, и заканчивая статьей с разборкой комплекса мицены-пуры.

 

5 минут назад, erlin сказал:

как ты это анализировать будешь?

Ну ты не забывай, что область моей профессиональной деятельности - математика и цифровая обработка сигналов. Для меня нет секретов, как делается выравнивание последовательностей и дальнейшее построение филогенетических деревьев, и есть достаточно мощная рабочая станция для этого, на ней я занимаюсь моделированием волновых процессов, она осилит задачу.

[=SM= 31 650]

@erlin 

В общем они подтвердили, что всё это без проблем. У них там есть даже готовая услуга "идентификация штаммов грибов", которая подразумевает выделение ДНК, амплификацию с именно этими нужными праймерами, очистку ампликонов и секвенирование в обоих направлениях. При этом, собственно идентификацию можно (и нужно) убрать для удешевления, ибо наши грибы "не их системы", а идентифицировать я и сам умею.

Так что, думаю, что даже потренируюсь "на кошках" - на Натальиных миценах и на своей ольховой фламмулине.

[erlin 3 510]

1 час назад, =SM= сказал:

При этом, собственно идентификацию можно (и нужно) убрать для удешевления, ибо наши грибы "не их системы", а идентифицировать я и сам умею

Ты имеешь в виду, возможность использовать секвенсы идентифицированных грибов из открытого доступа в сравнительном анализе?

[=SM= 31 650]

1 минуту назад, erlin сказал:

из открытого доступа

Ну и не только из открытого.

[художник Федотов 28 822]

Что это за мицелий попался?....

 

[=SM= 31 650]

30 минут назад, художник Федотов сказал:

Что это за мицелий попался?

Это Вам никто не скажет без генетического анализа. Тут как минимум два мицелия работают. Один, вызывающий белую гниль, и разобравший древесину на характерные волокна, и другой, вызывающий бурую гниль, "доедает" остатки глубже. А видов, которые вызывают эти гнили, целый вагон, если не состав.

Как банальный пример из тысяч возможных, белую гниль вызывает трутовик настоящий, а бурую - трутовик березовый.