Наш вклад в микологию: что можно сделать?

[Дончанин 35 434]

4 часа назад, SNI сказал:

Грибники до этого еще не дошли

 

И не дойдут. Потому что грибники в подавляющем большинстве опознают грибы по-старинке, опираясь на свои пять органов чувств, без применения спецтехники. У редкого грибника есть дома микроскоп. А если учесть, что грибы уже различаются на генно-молекулярном уровне, то такой анализ простому смертному грибнику не доступен в принципе. Поэтому в случае не различимых без специальных технологий видов я считаю, что не будет большой ошибкой все их относить к одному распространенному или известному виду ("приблизительно равно"). По крайней мере до тех пор, пока не будет доказано иного и не будут определены чёткие критерии отличий.

[=SM= 31 597]

37 минут назад, Дончанин сказал:

то такой анализ простому смертному грибнику не доступен в принципе.

Да ладно. 1700 рублей за один образец (секвенирование в двух направлениях, ПЦР с праймерами ITS1F-ITS4. С другими праймерами дороже, но не в разы). Это по состоянию на "год назад". То есть столько же, сколько ПЦР-тест на ковид сделать.

Проблема лишь в том, что денег лишних нет, а образцов уже штук 15 лежит, которые ждут этого. Надеялся, что прошедшей осенью уже их всех отработаю, но, увы.

 

[Игорь Лебединский 11 721]

08.01.2022 в 22:55, =SM= сказал:

Да ладно. 1700 рублей за один образец (секвенирование в двух направлениях, ПЦР с праймерами ITS1F-ITS4. С другими праймерами дороже, но не в разы).

 

А ведь результат еще надо как-то интерпретировать! Фундаментальные знания потребны.

Или для этого имеются какие-то шаблоны?

[=SM= 31 597]

1 час назад, Игорь Лебединский сказал:

Или для этого имеются какие-то шаблоны?

Для "тупых" онлайн выравнивание и поиск в генбанке, микобанке, юните. Умные могут повыравнивать руками в офлайне  А далее уже по результату - надо смотреть на сколько и с чем сойдутся, а потом искать этот образец по научным работам, что это именно (может быть не то, как обозвано в базах данных).

[Дончанин 35 434]

08.01.2022 в 22:55, =SM= сказал:

Проблема лишь в том, что денег лишних нет

 

Так это и есть основная проблема! ) За год не одна такая находка имеется, я уж не говорю о всяких неопределяемых МКГ.  Но с этой стороны нет денег, а с той - времени. Не стоит подробно рассказывать, сколько подчас ожидаешь результатов анализа. Я, правда, делал бесплатные, по договорённости,  но не думаю, что за деньги делают их шибко быстро, тем более, что со временем процесс идентификации только усложняется.  Вдобавок никто не даёт гарантию, что идентификация "по последнему слову техники" стопроцентно точна.  

Поэтому, по моему  разумению, целесообразнее в таких случаях довольствоваться некоей приблизительностью.  Пока не появится грибной Менделеев и не разложит всё по полочкам. Понимаю - утопия... но вдруг?

[=SM= 31 597]

5 часов назад, Дончанин сказал:

но не думаю, что за деньги делают их шибко быстро,

2-3 рабочих дня... (компания синтол - www.syntol.ru )

[Дончанин 35 434]

1 час назад, =SM= сказал:

(компания синтол - www.syntol.ru )

 

Я однажды сдавал специфический анализ. Надо было срочно подтвердить или опровергнуть один диагноз. Для верности решил сдать в две разные компании. Разумеется, заплатил немалые деньги. Зато обещали быстро.  И что? Две разные компании выдали разные результаты, и на основании них были сделаны разные диагнозы!  Я, естественно, усомнился. Сделал в третий раз. Без денег.  Как сотрудник поликлиники. Но медленно.  И... был третий результат.  Хороший. Ничего не нашли. Так ничего и нет, как показало время! Я здоров) 

Если бы те вчера стоили три рубля..  Если бы те вчера, что делают быстро, делали бы анализы так качественно, как эти сегодня... Ну вы меня  поняли )

 

С тех пор разным компаниям, тем более за деньги, веры мало. А проверять ещё раз в другом месте  -  это совсем остаться без штанов)

[=SM= 31 597]

49 минут назад, Дончанин сказал:

С тех пор разным компаниям, тем более за деньги, извините, веры нет. 

Ну тут, как бы, иное немного. Во первых, это же не ПЦР-тест, который ловит наличие куска последовательности и дает ответ "да/нет", к примеру, по степени флуоресценции, а именно секвенирование. А оно может или получиться, если в обоих направлениях сиквенсы сошлись и нет значительных неоднозначностей (это когда в образце несколько разных видов перемешано, например паразит на хозяине - то есть на каждой позиции сиквенса выраженный пик должен быть только один), ну либо не получиться, когда что-то одно из перечисленного "не так". В их ответе [по идее] должны быть данные от секвенатора с уровнями пиков, по которым можно убедиться самому, всё ли "пошло так". Во вторых эта компания - крупный разработчик, производитель и поставщик реагентов и технологий для самых разных лабораторий, что как раз и внушает доверие. И в третьих - от них требуется только сиквенс, а принятие решения, что это и почему, это уже самостоятельно (хотя они тоже предлагают это за отдельные деньги, но как раз это и не интересно, так как вот тут ошибки могут быть на раз-два, и до правды в таком случае не докопаешься). И вот это как раз тот момент, почему интересен БИН. НО! Имея готовый сиквенс (плюс микроскопию образцов), и вопросы по его разбору и корреляции его и морфологических признаков, уже можно обратиться и в БИН, если сам недопонимаешь. И это будет значительно быстрее.

 

[SNI 1 537]

1 час назад, =SM= сказал:

Жаль, Наталья - Deta куда-то делась, даже до сих пор мне свою коллекцию на вскрытие не передала...

 

Ну и где дальше прошла информация о Ваших с Натальей коллекциях?

Коллеги, прошу прощения за сравнение, но вы оба сидите, как Плюшкины, со своими коллекциями в "клубе знатоков".

Вышла публикация    https://biocomm.spbu.ru/article/view/7362   

 

 

Теперь посмотрите: Нижегородская обл. - 28 видов! ЗдОрово, не правда ли? Мск обл. -  836 видов., Владимирская обл - 42 вида! Класс!

Ну нет шляпочных грибов в регионах - ваших грибных угодьях! А с  афиллофоровыми, мне кажется, картина будет еще печальней. К сожалению....

[=SM= 31 597]

4 часа назад, SNI сказал:

Ну и где дальше прошла информация о Ваших с Натальей коллекциях?

Так она же мне еще не дошла. Нет пока никакой информации, нигде!

 

А из того, что было, у нас же ничего не подтверждено молекуляркой. Куда мы с этими находками? Ну да, определили что-то с разной степенью достоверности. Но это же все равно не тот уровень, чтобы как-то это публиковать где-то дальше, чем здесь. Я, к примеру, даже близко не знаю, что и как надо сделать, чтобы находки отмечать где-то официально.

[Юкош 6 867]

12 часов назад, SNI сказал:

Теперь посмотрите: Нижегородская обл. - 28 видов! ЗдОрово, не правда ли?

Мдя... маловато что-то. Мне казалось, их побольше. 

 

Хотя, откуда берутся такие цифры - вполне понятно. Не "узаконен" гриб официально для данной местности, значит, тут его и нет. Но если он есть, а "узаконивать" его некому, как быть? Обращаться к уполномоченным лицам? Пробовал. 

 

Вот к примеру. Нашёл я некий вид, который не то, что в Нижегородской области, а и России официально не зарегистрирован. Пишу в БИН, сообщаю.

В ответ - Спасибо, я перешлю Ваше письмо тому-то и тому-то... Далее тишина.

Другой раз - О! Присылайте образец! Я пишу: давайте координаты. Ответ: Ну вообще-то это несрочно, да и ситуация сложная, да и письмо может потеряться, Вы уж если в наших краях будете... Ага, прям как будто каждую неделю в Питер езжу.

 

Постепенно и желание пропало. Ну нет учёным дела до любителей с их изысканиями. Да и ладно. 

 

 

2 часа назад, Tuteisha сказал:

Видится Inocybe geophylla либо Inocybe geophylla var lilacina

Кое-что изменилось в понимании этого вида после выхода в 2018 году статьи

https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/00275514.2018.1469880?journalCode=umyc20

[SNI 1 537]

11 часов назад, Юкош сказал:

Вот к примеру. Нашёл я некий вид, который не то, что в Нижегородской области, а и России официально не зарегистрирован. Пишу в БИН

 

По агариковым

197376 г.Санкт Петербург. ул.Профессора Попова,2 Ботанический институт им. Комарова,

лаборатория систематики и географии грибов,

Морозовой Ольге Викторовне

https://www.binran.ru/structure/podrazdelenia/laboratoriya-sistematiki-i-geografii-gribov/employees/

 

Упаковываете интересные образцы и отправляете посылку с вложенным списком видов.

Образцы с отсевом. правильно высушенные, промороженные от насекомых и упакованные по отдельности.

В письме можете указать и оставшиеся у Вас дома образцы видов.

 

А если Вы будете писать, что набрали каких-то там шляпок-ножек, помогите мне их определить, естественно,

что Вам ответят -  пока нет времени и возможности. У них ведь есть должностные обязанности.

Н.Детинову и И.Кром не отослали ведь и помогали. и сотрудничали? К тому же, есть еще и кафедра микологии МГУ.

Все восхищаемся зарубежными сайтами, их информацией и разнообразием грибов. А сами лаптем щи хлебаем и сетуем.

 

Цитата

 

А из того, что было, у нас же ничего не подтверждено молекуляркой. Куда мы с этими находками? 

 

Наталья прекрасно знает куда и как отправлять. И без молекулярки.

Но только проще ведь подписать вероятное определение и пустить фото гулять по сети,

приняв в свой адрес овации и  "чепчики в воздухе".. Все взрослые. И у каждого есть выбор. 

 

 

[=SM= 31 597]

1 час назад, SNI сказал:

Все восхищаемся зарубежными сайтами, их информацией и разнообразием грибов.

Вот мы и хотим, чтобы именно на данном сайте было подобное разнообразие и подобная информация.

Было бы неплохо добавить функционал к галерее для отметок своих находок (через модераторов, которые могу проверить, на сколько правильно определен вид), чтобы можно было поглядеть и ареал. Но, подозреваю, что это скорее всего невозможно в рамках движка форума и не факт, что интересно владельцу сайта.

 

1 час назад, SNI сказал:

Упаковываете интересные образцы и отправляете посылку с вложенным списком видов.

Как минимум, хотелось бы сначала как-то узнать от Них, какой вид интересный из моего списка, а какой нет, пообщавшись через e-mail. Я ведь не сушу всё подряд, что нахожу, а сушу только то, что интересно мне самому (для той же запланированной молекулярки). Но, все мои попытки связи пока что были безуспешны. Отсюда я могу сделать лишь один вывод - это не интересно и не нужно Им. Они и без нас сделают нужные им научные работы и опубликуют, а то, что во Владимирской области 42 вида всего, так это никого особо не волнует. Да и посылать ящик образцов "в никуда" без заранее оговоренных перспектив желания нет совсем.

 

13 часов назад, Юкош сказал:

 Ну нет учёным дела до любителей с их изысканиями. Да и ладно. 

Вот-вот. И у меня такое же ощущение сложилось - они там сами себе составляют планы и их выполняют, и нам там места особо нет.

[Игорь Лебединский 11 721]

4 минуты назад, =SM= сказал:

Было бы неплохо добавить функционал к галерее для отметок своих находок

 

А как это могло бы выглядеть? Есть примеры сайтов, где это реализовано?

[=SM= 31 597]

3 часа назад, Игорь Лебединский сказал:

А как это могло бы выглядеть? Есть примеры сайтов, где это реализовано?

Ecть сайтов. Самый известный - https://svampe.databasen.org/, то же есть на https://www.grzyby.pl/

Но там это всё сделано настолько мутно, что без поллитры не разобраться. Должно быть все более просто:

- нужно иметь возможность ввести координаты точки либо методом тыка в карту, либо, хотя бы, просто руками-цифрами, дату находки, короткое описание особенностей гриба и биотопа, и (желательно) возможность привесить пачку фоток находки (тех же, что и в отчете на форуме, чтобы не плодить сущности, и именно из своего хранилища, а не сторонних).

- нужно иметь возможность посмотреть на карте все эти точки для каждого вида, и, тыкнув на точку, посмотреть все то, что вводилось для этой находки.

- можно подумать на тему добавления еще находок этого же вида для этой же точки в другое время.

 

В принципе, можно, наверное, как-то упростить это дело, и оформлять находки обычными постами в галерее с указанием координат и с возможностью поглядеть их все на карте. При этом чтобы заглавный пост содержал всю основную информацию о виде, как оно и сейчас есть, и содержал карту (ссылку на карту, всплывающую карту, т.п.) с отметками находок, а остальные посты набирали ареал распространения вида. Соответственно, со ссылками с точек с карты на конкретный пост с фотками и коротким описанием. Ну и с премодерацией - пост изначально получается скрытым, но видимым автору, и потом его власть имеющий может показать - и только тогда точка появится на карте. И галерея таким образом наполнится значительно быстрее и покажет всё разнообразие и вариативность вида.

 

Какие еще есть варианты - ну мало ли, это Вам виднее, что можно сделать, а что нельзя. Придумать тут можно еще кучу схем разных, если знать, в рамках чего придумывать.

[Игорь Лебединский 11 721]

3 часа назад, =SM= сказал:

Ecть сайтов. Самый известный - https://svampe.databasen.org/, то же есть на https://www.grzyby.pl/

 

Да похоже ничего из этого не решается в рамках "конструктора", нужно отдельно заказывать такое ядро, примерно с нуля. Теоретически даже можно было бы... но много ли квалифицированных охотников найдется участвовать в этой программе?

[=SM= 31 597]

29 минут назад, Игорь Лебединский сказал:

но много ли квалифицированных охотников найдется участвовать в этой программе? 

Да хотя бы четырех-пяти из трех-четырех областей уже было бы отлично! Но эту инициативу надо явно не тут обсуждать. Я бы точно подключился бы, отмечая все свои находки с показом микроскопии, если они сложно определяемые.

[Игорь Лебединский 11 721]

Только что, =SM= сказал:

Да хотя бы четырех-пяти из трех-четырех областей уже было бы отлично! Но эту инициативу надо явно не тут обсуждать.

 

Конечно. Давай включим ее в повестку весеннего слета.

[=SM= 31 597]

31 минуту назад, Игорь Лебединский сказал:

Давай включим ее в повестку весеннего слета.

А кто у нас таких на слёте? А наверное, никто, кроме нас двоих. Разве что Валя Val cow, если, наконец, появится. Тут видятся все таки знатные поганочники. А их на слёт не ходит, они единичные и в разных регионах (Юкош - Н.Н., Deta - подмосковье, возможно рязанская Kris. Недавно появившаяся московская Маримар на слёте не была, и вопрос будет ли. Кто еще из потенциальных участников? Ну, глядя в определялку, вроде, может быть, Лидия Бам активничает...)

 

Про не тут - я имею в виду тут, но в какой-то другой теме