Сыроежки

[=SM= 26 064]

27.03.2023 в 23:04, erlin сказал:

???

 

А можно как-то более развернуто вопрос задать?

[erlin 3 430]

Да, вот мне хотелось бы от тебя пояснений.

Я, не дожидаясь твоего перевода описания просмотрел его, и увидел что морфология твоих образцов здорово отличается от китайских.

Более того, сыроежки - это микоризный род, и симбиозный партнёр обычно является определяющим фактором в эволюции видообразования.

Да, есть грибы космополиты, но как правило, когда деревья-симбионты космополиты.

В качестве партнёров для Russula photinia, китайцы называют Betula platyphylla, Juglans mandshurica, Quercus mongolica, and Populus davidiana. 

Сильно отличаются споры, как в абсолютных величинах, так и в форме и орнаментации. Пилеоцистиды твоих не септированы, у китайцев часто с 1-4 септами и т.д.

Поэтому, даже при совпадении сиквенса и цвета спорового отпечатка, я бы не был столь категоричен с однозначностью твоего определения. Но ты то уверен, отсюда у меня и вопросы, почему?

 

[=SM= 26 064]

7 часов назад, erlin сказал:

Но ты то уверен, отсюда у меня и вопросы, почему?

Все просто - тут именно 100% совпадение с четырьмя образцами сразу, а все остальное поголовно стоит далеко, далее чем 97.13%, с явным отрывом, с отличиями не менее, чем в 16-17 "буквах" (это сестринская ей R.gracillima). То есть никаких иных вариантов, достойных внимания, просто нет, причем совсем нет, даже из всяких там uncultured, микориз или неопределенных R.sp. Плюс к этому сиквенс у меня очень высокого качества, без неоднозначностей и гетерозигот. То есть определение вида тут ни малейшему сомнению не подлежит, и строить деревья нет смысла, заранее известно где она окажется. По вопросу микоризности - нет у них наших берез, соответственно они не могли найти ее с ними, и проанализировано там всего 6 образцов и 10 сиквенсов. Однако есть еще находка этой сыроежки как микоризы на корнях березы неопределенного вида (теоретически может быть либо береза повислая, либо береза белая, так как не тундра и не горы) в респ. Саха около Якутска ( LC574621), без плодового тела. Еще есть такая сыроежка из эстонии - UDB083072 из проекта " Global Soil Samples subproject" - то есть также не из гриба, а из земли. Я не смог найти, откуда взята была эта проба, но явно не из-под китайской березы. Тоже касается и образца из Латвии - UDB0249440 - опять из проб земли, а не из плодового тела. И больше доступных сиквенсов этого вида просто нет.

 

Насчет спор - да, они больше, и это надо принять как есть. Объяснение у меня только как региональная изменчивость. Еще вопрос есть и к китайцам, брали они споры из отсева или хотя бы с ноги, или ковыряли из пластинок, это дает два значимо разных результата. То есть в этой части скорее всего описание "сырое", разброс длины спор 6.0–6.4 в описании не выглядит реальным, слишком мал.

Еще размер шляпки - их наблюдения по 6 экземплярам говорят о 35–58 мм, у меня есть крупнее - сантиметров до 7-8 наверное на глаз.

А вот септы надо поискать отдельно, их в SV часто не видно, надо посмотреть в Конго+SDS. И взять разные препараты с центра шляпки и с края, где они могут быть сильно разными. Я не раз ошибался в септированности из-за этого, ленясь делать дополнительные исследования сразу. Однако, тут может возникнуть нюанс. Этих сыроежек никогда ранее не наблюдалось, а выскочили они сразу во многих точках именно в прошлом году (крайне бедном на сыроежки вообще - всех других видов единичные случайные находки). Так что, я не удивлюсь, если их опять много лет не будет, пока не сложатся какие-то особые погодные условия, а будут себе они жить где-то в корнях в виде мицелия. Хотя, конечо, теперь есть повод их искать с пристрастием. А септы, наверное, еще можно поискать в сухом материале, он хоть с SV не реагирует, но септы-то сохраняет, и в конго их должно быть видно. Еще можно поставить в план на будущее отсеквенировать еще пару других участков рДНК, ведь китайцы дали еще mSSU, mLSU, rpb1, rpb2 и tef1a, но это дороже (надо платить за "нестандартные" праймеры), и вряд ли чего даст при полном совпадении в ITS во всех буквах, то есть скорее всего деньги на ветер.

 

И, кстати, глядя на филогенетическое дерево, твои слова " Тянет на какой-то "гибрид" между R.gracillima, R.exalbicans." - ведь действительно это как-то так и есть: оно произошло от общего предка с R.exalbicans, но пошло в другую сторону от R.gracillima, образовав свою кладу рядом с ней. Причем если в кладах грациллимы и эксальбиканс наблюдается некая вариантивность в ITS последовательности, то в кладе фотинии - ее нет, и мои не отличились, и эстонские-латышские тоже.

 

[erlin 3 430]

9 часов назад, =SM= сказал:

Плюс к этому сиквенс у меня очень высокого качества, без неоднозначностей и гетерозигот. То есть определение вида тут ни малейшему сомнению не подлежит, и строить деревья нет смысла, заранее известно где она окажется

Не, мои мысли никак не связаны с возможными сомнениями о качестве твоих сиквенсов, и у меня почему-то, нет ни малейших сомнений в твоей способности анализировать и корректировать подобную информацию.

 

9 часов назад, =SM= сказал:

Насчет спор - да, они больше, и это надо принять как есть. Объяснение у меня только как региональная изменчивость. Еще вопрос есть и к китайцам, брали они споры из отсева или хотя бы с ноги, или ковыряли из пластинок, это дает два значимо разных результата. То есть в этой части скорее всего описание "сырое", разброс длины спор 6.0–6.4 в описании не выглядит реальным, слишком мал.

Ну, региональная изменчивость по-любому должна быть.

С информацией по измерениям спор там есть косяк, смотри...

Basidiospores (300/6/6) (5.6–) 6.0–6.4 (–6.8) × (4.6–) 4.9–6.5 (–6.8) μm, Q = (1.04–) 1.07–1.34 (–1.42) (Q = 1.21 ± 0.08), 6.9 × 5.7 μm on average, subglobose, broadly ellipsoid to ellipsoid, occasionally globose...

Предельная максимальная длина споры указана, как - 6,8 мкм, а средняя 6,9 мкм. Это как? Но даже если средняя 6,9 у них, у тебя то - 7,8(микрон почти).

Размеры ладно, но форма споры? У тебя споры по Q=(1.2) 1.3 - 1.45 (1.5),  Qe=1.4, а у китайцев средняя 1,21, т.е. такую разницу в форме спор тяжело воспринимать, как региональную изменчивость. Да и орнаментация у твоих..

- орнаментация шипами и бородавками, местами соединенными в отдельные ребра. Высота орнаментации в среднем 0.75 мкм, есть и под 1 мкм местами.

У китайцев...

- орнамент высотой 0,3–0,8 мкм, состоящий из тупых или субконических бородавок,  в основном соединенных между собой тонкими линиями.

 

Мне в итоге непонятно, где граница между региональной изменчивостью и другим видом, пусть и абсолютно генетически идентичным.

И мне не хочется верить, что генетически один и тот же вид может показывать такую радикальщину в признаках на разных территориях.

В данном конкретном случае, получается не нужен оригинал описания, т.к. твои покажут существенно выпадающую картинку  и ориентироваться на оригинал бессмысленно.

[=SM= 26 064]

41 минуту назад, erlin сказал:

редельная максимальная длина споры указана, как - 6,8 мкм, а средняя 6,9 мкм. Это как?

Я этого и не заметил! Это явная ошибка или в самих измерениях, или в каких-то копированиях данных. Ну и мне надо побольше сделать измерений, тоже спор 100, подряд, не выбирая. А у меня столько не отснято, это надо заново микроскопировать.

 

41 минуту назад, erlin сказал:

орнамент высотой 0,3–0,8 мкм, состоящий из тупых или субконических бородавок,  в основном соединенных между собой тонкими линиями.

А это-то мне как раз не противоречит. Тонких линий у моих тоже навалом. Но вот их таксономическачя значимость... Их же почти не упоминают "монстры" сыроежковедения - Романьези, Сарнари.  И я еще плохо интерпретирую, как SEM-картинки коррелируют с световой микроскопией. Я на этот случай сделал пару кадров на разном фокусе поверхности.

 

А у них - рисунок, сделанный руками с SEM-картинок и сами SEM-картинки... И как это сравнивать? В моем понимании это, что у них, как раз бородавки и гребни.

 

На этих картинках, субъективно, многие споры довольно удлиненные, кстати.

 

 

41 минуту назад, erlin сказал:

т.к. твои покажут существенно выпадающую картинку

 

Пока из картинки выпадает только само измерение спор (и еще неизвестно, у кого больше неточностей),  пилеоцистиды требуют дополнительных исследований в части поиска септ, что я вообще специально не делал, ну и для полноты картины посмотреть терминальные элементы гиф ПП, ну  и гимениальные цистиды. И сухие образцы у меня еще есть, и вроде отсев с ними же остался. А макропризнаки вообще не выпадают, кроме максимального размера, что в общем то, очень может быть разница от условий роста. Вот у них зато привычная грациллима аж до 82 мм, а я и не думал, что они могут такими монстрами вырастать... У меня 4 см - редко.

 

А еще теперь Galerina variibasidia требует поиска этих самых "длинноволосых" базидий. Кто бы знал заранее, что там искать надо. Так что, придется еще и с сухим материалом поработать.

 

[=SM= 26 064]

@erlin 

А как тебе такое???

 

Так что вот так! Китайским микронам в тексте верить нельзя. Ошибка налицо.

[erlin 3 430]

1 час назад, =SM= сказал:

Так что вот так! Китайским микронам в тексте верить нельзя. Ошибка налицо.

Значит...

13 часов назад, erlin сказал:

получается не нужен оригинал описания, т.к. твои покажут существенно выпадающую картинку  и ориентироваться на оригинал бессмысленно.

Нужно делать свои оригинальные описания, а на первоисточник и других, давать ссылки в конце.

[=SM= 26 064]

9 минут назад, erlin сказал:

Нужно делать свои оригинальные описания, а на первоисточник и других, давать ссылки в конце.

В данном случае, видимо, да. Хотя, стоит наверное написать авторам работы, и попробовать спросить, что за фигня, приложив свои данные, и обратив внимание на несхождение максимального и среднего размера, и на ручные измерения по их фоткам.

И я вообще, хочу с этим еще в БИН попробовать написать, вдруг там кто заинтересуется, у меня же считай почти всё сделано для публикации научной работы, осталось сделать еще серию микроскопии, и собственно написать ее, и дерево сделать (ибо так положено). И вид новый для европы не один - еще же американская чешуйчатка Лебединского и китайская галерина варииспора.

[=SM= 26 064]

@erlin 

Написал китайцам.

Моё байесово консенсусное дерево - это уже для загалереивания в будущем:

 

 

Кстати, заметь. Там в "R.exalbicans" возможно есть некий подвох, как бы не два вида там...

 

UPD:

Внес исправление - дерево слегка поменялось, я добавил простое бинарное кодирование инделей-инсерций (FastGap 1.2) и добавил его в виде партиции к данным ДНК. Это дерево можно считать уточненным.

[erlin 3 430]

19 часов назад, =SM= сказал:

Кстати, заметь. Там в "R.exalbicans" возможно есть некий подвох, как бы не два вида там...

Я так понимаю, что сиквенса типового для R.exalbicans нет?

А если построить дерево через Blast, и оставить только те у которых разница не более 3%, то там каша кашная.

[=SM= 26 064]

2 минуты назад, erlin сказал:

А если построить дерево через Blast

он вообще деревья левые строит. Надо делать или MrBayes (байесовские), или RAxML (соответственно, ML)

типового вроде нет, я брал за образец то, что китайцы в статье обозвали этими видами.

[=SM= 26 064]

4 часа назад, erlin сказал:

то там каша кашная.

Там на самом деле каша имеется. Вот я добавил немного ради прикола.

 

Ну и получил - две сангвинеи - два разных вида. Две фускоруброидес - два разных вида.

Но, зато, gracilis subsp. altaica (= R.pyrenacea ss. Sarnari) - это все таки не отдельный вид от грациллимы. По крайней мере те, что я взял...

[=SM= 26 064]

@erlin 

Потихоньку пытаюсь разгрести кашу. Кое что вырисовалось, когда добавил еще побольше свежих типовых образцов. И не типовых тоже.

 

AXsiTHtMwkQlTzK3Qr92IQ.pdf

 

Что мне было интересно, это почему китайцы не применяли кодирование инделей-инсерций? Ведь написано-перенаписано, что появление инделей-инсерций в процессе эволюции процесс едва ли не более частый, чем появление замен. А они взяли, и отбросили эту информацию. Поэтому я внес в дерево "комлекс" rhodochroa-subsanguinaria пообширнее, так как он не был разрешен китайцами в участке ITS. И да, с применением даже простого кодирование инделей-инсерций он уже не выглядит комплексом, а показывает три четких вида с отличными апостериорными вероятностями. А у них - в ITS без кодирования инделей вообще полная каша, а мультигенный анализ без такого кодирования отделил субсангвинарию от родохрои, однако в самой родохрое оставил кашу. Так что, есть подозрение, что они недоработали там, и есть на самом деле две разные родохрои:

 

Ну и вот еще - сыроежка Келе и фускоруброидес - штука дюже непростая. Как китайцы нарыли три клады там, так и я.  И одна из них, вероятно, это R.rufa, куда залетела еще и какая то левая сангвинея. А вот две отальные, скорее всего, одна из них и есть Келе, а другая фускоруброидес. И те, и эти есть и там, и тут.

 

Ну и мое дерево показывает, что моя фотиния это конечно не "гибрид" эксальбиканс и грациллимы, но "где то там". Общий предок у них близок.