Паутинники

[erlin 3 428]

1 час назад, =SM= сказал:

Как это не брались? Две штуки там были. Но попали в разные ветки.

Там были две коллекции, определённые когда-то, как casimiri по макро- и микро- комплексу признаков.

Эти две коллекции впервые секвенированы в "Mission...".

 

[=SM= 26 022]

12 минут назад, erlin сказал:

Эти две коллекции впервые секвенированы в "Mission...".

А какая разница то, отсеквенированы они до статьи, или для статьи? Значит до статьи не было сиквенсов с достаточной степенью доверия к их определению. Ведь цель статьи - не разобрать секцию подробно, а разобрать подрод, и нужны только такие образцы, в которых авторы уверены.

[erlin 3 428]

@=SM= 

Сергей, если ты посвятишь данной работе немного времени, то ты поймёшь, каковы были цели и задачи данной работы.

В двух словах.

Многие образцы, считавшиеся типовыми, до "Mission..." никогда не были в молекулярке. И этот "косяк", был чуть ли не основной целью работы.

 

 

[=SM= 26 022]

2 часа назад, erlin сказал:

И этот "косяк", был чуть ли не основной целью работы.

Я достаточно много времени ей в том году посвятил. И я так не считаю - по моему твердому мнению это лишь побочный эффект от этой работы, что некоторые виды, ранее считавшиеся типовыми, оказались другими видами. А главная цель работы была все же глобально разобрать род по секциям рода, и довольно грубо показать реальный состав секций, без излишнего внутрисекционного энтузиазма. И это было сделано. Ну и теперь, как следствие, нужны дополнительные исследования уже внутри каких-то секций, где образовались "нежданчики", для уточнения что там внутри к чему.

[erlin 3 428]

2 часа назад, =SM= сказал:

Я достаточно много времени ей в том году посвятил

Тогда бы ты не написал эту фразу по поводу C.casimiri...

6 часов назад, =SM= сказал:

А какая разница то, отсеквенированы они до статьи, или для статьи?

Не в этом суть. А в том, были отсеквенированы или нет?

Я свои размышления по поводу "Mission..." высказывал, начиная отсюда (там несколько обильных постов)...

http://mycoweb.borda.ru/?1-3-1624737100329-00000930-000-120-0#037

Поленился тогда скопировать в профильную тему здесь.

[erlin 3 428]

3 часа назад, =SM= сказал:

А главная цель работы была все же глобально разобрать род по секциям рода, и довольно грубо показать реальный состав секций, без излишнего внутрисекционного энтузиазма. И это было сделано.

В целом - да. Я так и писал на ГКО...

 

«Liimatainen et al. 2020» поставила изначально грандиозную цель - представить новую версию к пониманию подрода Telamonia, а также дать обширную базу данных ITS для определения видов.
В том числе и по старым известным коллекциям
 

[=SM= 26 022]

16 минут назад, erlin сказал:

Тогда бы ты не написал эту фразу по поводу C.casimiri...

Это с чего бы?

Тут все просто. В генбанке каждый кто хочет, называет свой образец как хочет, как ему кажется, что определил, ну и депонирует туда сиквенсы. Вот даже я могу что-то отсеквенировать и влить туда под тем названием, как мне кажется что верным. Поэтому, если сиквенсы оттуда уже участвовали в каких-то работах ранее, и на основании этих работ понятно, что гриб был определен там (в генбанке) +- верно, то его можно использовать и в работе такого уровня, и в дальнейших. Если сиквенс не участвовал в каких-то серьезных работах, или из них железобетонно не следует то, что этот сиквенс принадлежит к указанному виду (или хотя бы комплексу),  то его и нет смысла использовать. В этом случае проще отсеквенировать что-то своё, к чему доверия будет больше, чем изучать с нуля всю подноготную тех образцов, что были депонированы. По всей видимости, именно это и случилось с C.casimiri, о чем я и сказал выше - не нашлось готовых сиквенсов с хорошей степенью доверия к определению вида.

 

И я ни разу не меняю свое мнение - нет никакой разницы, отсеквенирован образец до статьи и взят из генбанка (юните и т.п.), или отсеквенирован специально для статьи - весь вопрос исключительно, подчеркну это слово - еще раз исключительно в доверии к изначальному определению вида указанного в генбанке, и более никаких тут причин нет. А вот потом, если у кого-то возникнет желание, то этот кто-то сможет разобрать весь генбанк и сделать работу, которая расставляет все точки над "i" в этих генбанковских образцах, кто из них есть реально кто, и кто был занесен туда под верным названием, а кто под неверным. Таких работ, в общем то немало уже есть в разных родах. Это особенность генбанка - там невозможно что-то изменить после занесения. И поэтому там не просто большое количество сиквенсов, приписанных некорректно определенным видам, а огромное количество таких ошибочных видов. И чтобы убедиться, что там название вида указано верно, надо найти работу, где этот образец упомянут, и из которой явно следует отсутствие грубых ошибок. А иначе такой сиквенс бесполезен в подобных работах, где род разбирают по секциям, и нужен эталонный образец. А вот в работах по внутрисекционному разбирательству, оно, да, полезно, рассмотреть подробно всё то, что понакидали в генбанк, и установить истину по каждому образцу. Но это другая работа, принципиально другая.

[erlin 3 428]

Хорошо, давай по-другому.

Ответь на вопрос. Откуда взялась секция Megaspori?

Вернее, даже так. Почему она появилась?

Уверен, что ты быстро и легко ответишь на этот вопрос.

[=SM= 26 022]

@erlin 

Тут все просто - потому что таков был результат молекулярного анализа у этих товарищей, который показал, что там, вероятно, не один вид. А, может, они уже и раньше что-то там подозревали.

Но давай не путать результаты и исходные данные. Результаты верны лишь тогда, когда исходные данные верны. Поэтому нельзя все подряд брать из генбанка, а надо крайне скурпулёзно подходить к подбору исходных данных, допуская туда только то, что по мнению авторов максимально соответствует предполагаемым видам.

[=SM= 26 022]

И более даже скажу - эти ребята продолжают активно потрошить паутинники...  Глядя на IF #477 - можно предположить, что "бывшие" теламонии теперь окучивают, которые в "миссии" были исключены, так как уже было ясно, что они другой подрод. Так что можно ожидать "миссию часть 2". Раз номенклатурные новинки по вне-теламонийным секциям уже есть, а статьи-то пока нет...

Потом, есть надежда, что и до внутрисекционных дел доберутся. Но, тут сам понимаешь, не факт что им интересно то, что нам

 

PS

А еще меня ОЧЕНЬ интересует новинка "IF №462". Паутинников она не касается, но касается моих любимых говорушек. Полгода уже прошло, даже больше. А статьи-то так и нет!

[erlin 3 428]

11 часов назад, =SM= сказал:

А еще меня ОЧЕНЬ интересует новинка "IF №462". Паутинников она не касается, но касается моих любимых говорушек. Полгода уже прошло, даже больше. А статьи-то так и нет!

Обычно под такими номерами IF фиксирует не статьи, а бюллетени с нововведениями.

И под номером 462 всего ничего...

http://www.indexfungorum.org/Publications/Index Fungorum no.462.pdf

[=SM= 26 022]

7 минут назад, erlin сказал:

Обычно под такими номерами IF фиксирует не статьи, а реестры с нововведениями.

В том-то и дело, что каждой номенклатурной новинке должна, а точнее обязана, соответствовать "правильно опубликованная" статья, соответствующая определенным требованиям номенклатурного кодекса, на базе которой эта новинка становится легитимной. А как понимать номенклатурную новинку при отсутствии такой статьи? Я это себе представляю только так, что статья будет вот-вот, причем авторы абсолютно уже уверены, что она пройдет все необходимые рецензии и будет принята сообществом.

 

Что там "всего ничего", как бы, да. Но это "всего ничего" - целых два семейства! Даже не рода! Это очень даже "чего" - вынос их из трихоломовых вообще.

[erlin 3 428]

59 минут назад, =SM= сказал:

Я это себе представляю только так, что статья будет вот-вот...

Но эта статья не будет под №462. Она будет со своим названием.

[=SM= 26 022]

9 минут назад, erlin сказал:

Она будет со своим названием.

Да какая разница, под каким названием она будет, если ее нет? Суть моих вопросов в том, что на IF уже есть номенклатурные новинки №462 и №477, а статей, которые их легитимизируют, я не нахожу. Вот что странно! Они что, "для узкого круга ограниченных людей (с)", что ли? Вроде ведь никто пока не отменял требований по публикации таких статей в рецензируемых изданиях.

Там, в новинках IF, они все "nov." уже, а не "prov.", а "nov." подразумевает ведь же то, что это наименование уже корректно и полноценно опубликовано! Вот как так?

[erlin 3 428]

@=SM=

Некоторые работы пишутся годами.

А предварительные выводы, которые ложатся в основу будущей работы, могут появиться загодя. Особенно если важно зафиксировать первенство в этих выводах.

№№438 и 439 появились в реестре 30.04.2020, а "Mission...", в основу которой они легли, появилась в публичном доступе почти через полгода.

1 час назад, =SM= сказал:

Они что, "для узкого круга ограниченных людей (с)", что ли?

Как правило, да (на какое-то время).

[=SM= 26 022]

6 минут назад, erlin сказал:

А предварительные выводы, которые ложатся в основу будущей работы, могут появиться загодя. Особенно если важно зафиксировать первенство в этих выводах.

Так вот в том и дело, обращу внимание еще раз - в таком случае оно должно быть "nom.prov.",  а не "nom.nov". А статус "nom.nov." обязывает к тому, что это имя УЖЕ должно быть полноценно опубликовано.

Ну или один-два абзаца в этих IF-овских номерных публикациях нынче и считается "полноценно опубликовано"....

[=SM= 26 022]

Ну да. Опасения подтвердились. И куда же катится мир... Теперь значит можно так просто публиковать новые имена, закинув лишь абзац на IF...

Вот с MB пример - имя легитимно, и именно на основании номерной публикации на IF.

[erlin 3 428]

5 часов назад, =SM= сказал:

Теперь значит можно так просто публиковать новые имена, закинув лишь абзац на IF...

Почему абзац?

Целый бюллетень...

http://www.indexfungorum.org/Publications/Index Fungorum no.477.pdf

Он абзацем выглядит на MB, а на IF - нормальным документом.

Tuula Niskanen & KareLiimatainen застолбили за собой данные и выводы, которые позже выйдут в работах.

Например...

https://link.springer.com/article/10.1007/s11557-020-01665-6

Пока она не публична, так отдельные фрагменты.

Причём эта работа других авторов.

 

[=SM= 26 022]

Только что, erlin сказал:

Почему абзац?

Имеется в виду один абзац на один таксон конечно же, а не то, что там много абзацев и много таксонов

[erlin 3 428]

26.06.2021 в 22:34, =SM= сказал:

Тут все просто - потому что таков был результат молекулярного анализа у этих товарищей, который показал, что там, вероятно, не один вид. А, может, они уже и раньше что-то там подозревали.

Ну понятное дело подозревали, но подозрения без молекулярного анализа, а именно без филогенетической концепции, долго и остаются подозрениями.

Одно дело просто выдрать последовательность из образца, другое - найти этой последовательности место в филограмме.

Причём, это место находится благодаря соответствующему оборудованию и программному обеспечению. Т.е., "практически автоматически". Но, перед этим практически автоматически, выполняется огромный кусок работы, связанный со сбором материала, его подготовкой, извлечением инфы из него и т.д.

Например, есть теламонийный образец с большими спорами и его не всегда понятно куда приткнуть даже имея последовательность.Эту последовательность надо сравнить с другими последовательностями и тогда, может появиться понимание. Вот именно этот сравнительный анализ - важная часть почти всех работ в настоящее время.

В последнее время всё меняется достаточно быстро. Даже на примере секции Megaspori это можно увидеть. Вот так она выглядела в "Mission..."

Смотрите в нижней части находится С.hemitrichoides. Почему это имя оказалось здесь и вообще откуда оно, кем и когда придумано?

Если посмотреть в IF, то достаётся следующая информация...

Current Name:
Cortinarius hemitrichoides Bidaud & Moënne-Locc., in Bidaud, Moënne-Loccoz, Reumaux & Carteret, Atlas des Cortinaires (Meyzieu) 19: 1506 (2010)

 

Понимается это так.

Впервые, паутинник с таким именем появился во французском справочнике паутинников Atlas des Cortinaires, в 2010 году.

В 2010 году секвенирование ещё не было общедоступной процедурой, в те годы она только набирала обороты и находилась в стадии становления. В паутинниках, примерно в те годы, был ещё разброд и шатание. Французы продолжали некогда выбраный путь, а именно - не особенно разбираясь в глубину таксономии, штамповали новые имена  и размещали их в глянцевых справочниках.

В последствие, этот путь окажется не самым плохим, с точки зрения первенства в наименованиях.

Этих справочников они наштамповали достаточно много, а теперь, когда молекулярка стала более доступной и эффективной, они сами, а также с помощью всех желающих, проводят ревизию созданных имён.

Надо сказать, они не просто штамповали имена, но и создавали описания и всё тщательно гербаризировали.

Образец Cortinarius hemitrichoides, как и многие другие, стали объектами исследований в "Mission...". После секвенирования и молекулярного анализа было сгенерировано филогенетическое дерево. Благодаря существующим на сегодняшний день критериям оценки, сформировалась секция, которую назвали Megaspori.

А критерии очень узкие (в переводе из "Mission...")...

...мы использовали 1% (5 различий) в качестве порогового значения для видов. Когда последовательности типов отличаются по крайней мере в 5 пунктов друг от друга, мы рассматривали их как разные виды. Мы не утверждаем, что все отклонения ниже 1% автоматически являются внутривидовыми. Однако разделение видов ниже порогового значения в 1%, требует тщательного изучения. Поэтому мы добавили префикс aff. к латинскому имени в тех случаях, когда есть 3-4 различия в последовательностях другого типа. С двумя отличиями мы использовали обозначение

s. lato.

Использование этого подхода указывает на места, где определение таксономических синонимов может быть проблематичным и требует дальнейшего изучения. Кроме того, когда макроскопические, микроскопические и / или экологические данные значительно различаются, хотя последовательности ITS одинаковы, мы не помещаем таксоны в синономию.

 

Cortinarius hemitrichoides повезло. Он смог сохранить своё имя в использованном наборе данных этой работы. Об этом говорит выделение его имени жирным и отсутствие конкурентов в подкладе - C. hemitrichoides 2157 TYPE France.

 

Почти одновременно с "Mission..., другими финскими микологами шла работа, оформившаяся в том же 2020 году в Diversity of boreal small species of Cortinarius subgenus Telamonia with Salix.

У данной работы были другие цели и задачи и использовались несколько другой набор данных (выше в этой дискуссии мы упоминали о ней)

В ней конкретно разбирался комлекс видов C.casimiri, растущих с ивовыми деревьями. В это комплекс попали образцы ранее определяемые, как C.rufostriatus.

А также один из образцов C. hemitrichoides. По сгенерированному филогенетическому дереву, они предполагают, что данный образец  C. hemitrichoides является синонимом к C.rufostriatus....

Они делают соответсвующую запись в своей работе....

Cortinarius rufostriatus J.Favre, Ergebn.
Wiss. Unters. Schweiz. Natl. Parks 5 (33):
204 (1955)
Synonym Cortinarius hemitrichoides Bidaud &
Moënne-Locc., Atlas des Cortinaires 19:
1506 (2010)

Т.е., C.rufostriatus должен быть приоритетным по существующим правилам, т.к. зарегистрирован в 1955г.

Уже прошёл почти год после выхода в свет этих двух работ, в IF пока синонимизацию не провели...

http://www.speciesfungorum.org/Names/SynSpecies.asp?RecordID=567871

http://www.speciesfungorum.org/Names/SynSpecies.asp?RecordID=295952

Это к вопросу об инертности IF. А вот в Генбанке всё поправили, там все последовательности теперь C.rufostriatus,  в том числе и голотипа из  "Mission" - C. hemitrichoides 2157 TYPE France...

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT935112.1

На всякий случай, кто не умеет пользоваться данным ресурсом. Открываем его, в строке поиска слева устанавливаем Nucleotide, а справа - C.hemitrichoides, нажимаем Search (поиск)...

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?term=cortinarius+hemitrichoides&cmd=DetailsSearch

Самый верхний секвенс и есть наш C. hemitrichoides 2157 ( Cortinarius rufostriatus voucher PC:2157 ).

 

И на этом свистопляска с приоритетным именем может не закончится.

Возможно в какую-то работу попадёт образец, некогда обозванный иначе, а последовательность и вся остальная морфология с экологией совпадут. Если имя данному образцу было присвоено раньше чем 1955г, то ему и отдадут приоритетность.